Научные интересы:
наноинженерия поверхности, обработка материалов высококонцентрированными потоками энергии, атомно-силовая микроскопия
Научно-педагогическая деятельность:
С 2003 года работает, сначала ассистентом (2003-2005 гг.), дальше - старшим преподавателем (2005-2006 гг.), а с 2006 года и доныне - доцентом кафедры физики Черкасского государственного технологического университета. В 2006 году, после успешной защиты диссертации, получил научную степень кандидата технических наук.
Бондаренко М. А. является действительным членом Украинского материаловедческого общества и членом Украинского оптического общества.
С 2008 года назначен Ученым секретарем учебно-научного Центра "Микронанотехнологии и оборудование" (кафедра физики, ЧГТУ), в состав которого входят 15 ведущих организаций Украины, России, Беларуси, Германии, Швеции, Польши, Болгарии.
При непосредственном участии Бондаренко М. А. на кафедре физики созданы три учебно-научные лаборатории ("Вакуумной техники и электронно-лучевых методов обработки", "Атомно-силовой микроскопии и прикладной оптики", "Физического материаловедения и наноструктурного анализа"), в которых молодые ученые, аспиранты и студенты занимаются научно-исследовательской работой. Бондаренко М. А. преподает курс общей физики, а также следующие специальные курсы : "Теоретические основы теплотехники", "Основы теплотехники", "Биофизика и биомеханика" (выступает как соавтор в одном учебнике, одном учебном пособии с грифом Министерства образования и науки Украины, трех монографий).
Под научным руководством Бондаренко М. А. проводит научные исследования один аспирант на получение научной степени кандидата технических наук.
