Содержание к диссертации
Введение
Глава 1 Обзор литературы 15
1.1 Вирусные агенты, ассоциированные с острыми диарейными заболеваниями человека, имеющие наибольшее эпидемиологическое значение. 15
1.2. Методики лабораторной диагностики и существующие подходы к комплексной этиологической диагностике ОКИ вирусной природы . 45
1.3 Методические подходы к изучению генетической гетерогенности возбудителей острых кишечных инфекций вирусной этиологии 55
Глава 2. Материалы и методы. 60
2.1. Обследуемые контингенты 60
2.2. Групповая заболеваемость ОКИ 65
2.3. Регистрация клинической и эпидемиологической информации о случаях заболевания . 67
2.4. Методы статистической обработки. 70
2.5. Методы лабораторных исследований, использованные в работе. 70
Глава 3. Оценка эпидемиологической ситуации по ОКИ вирусной этиологии в Российской Федерации по по данным их расширенной этиологической верификации 75
3.1. Пилотное изучение этиологической структуры ОКИ 75
3.2 Разработка методик этиологического мониторинга, адаптированных для использования в системе эпидемиологического надзора Российской Федерации и оценка оценка эффективности их практического применения 84
3.3 Итоги внедрения наборов реагентов для этиологической диагностики ОКИ в практику здравоохранени и сравнительная оценка эффективности различных методов лабораторной диагностики ОКИ в практике учреждений Роспотребнадзора 99
Глава 4. Особенности эпидемического процесса ОКИ вирусной этиологии 107
4.1. Сезонность и территориальные особенности этиологической структуры ОКИ в Российской Федерации 107
4.2. Особенности сезонных подъемов заболеваемости ротавирусной инфекцией на территории РФ 111
4.3. Возрастная структура острых диарейных заболеваний по данным госпитализации в РФ 115
Глава 5. Сравнение клинической симптоматики у пациентов с ОКИ различной этиологии . 118
5.1. Особенности синдромальной диагностики острых диарейных заболеваний различной этиологии. 118
5.2. Особенности температурной реакции пациентов с острыми диарейными заболеваниями различной этиологии 122
5.3. Особенности гастроинтестинальной симптоматики у пациентов с острыми диарейными заболеваниями различной этиологии. 128
5.4. Клиническая картина заболеваний, вызываемых редко выявляемыми возбудителями ОКИ 137
5.5. Определение этиологической структуры летальных исходов у детей младшего возраста на фоне острых инфекционных заболеваний с синдромом диареи. 138
Глава 6. Эпидемиологическая и клиническая интерпретация результатов этиологического мониторинга 150
6.1. Подходы к интерпретации результатов этиологического мониторинга. 150
6.2. Сочетанное выявление патогенов 161
Глава 7. Субвидовая характеристика изолятов вирусных возбудителей ОКИ, циркулирующих на территории РФ 166
Заключение: 188
Выводы: 198
Практические рекомендации: 200
Список литературы: 202
- Методики лабораторной диагностики и существующие подходы к комплексной этиологической диагностике ОКИ вирусной природы
- Регистрация клинической и эпидемиологической информации о случаях заболевания
- Итоги внедрения наборов реагентов для этиологической диагностики ОКИ в практику здравоохранени и сравнительная оценка эффективности различных методов лабораторной диагностики ОКИ в практике учреждений Роспотребнадзора
- Особенности сезонных подъемов заболеваемости ротавирусной инфекцией на территории РФ
Введение к работе
Актуальность проблемы
Несмотря на позитивные тенденции по снижению показателей заболеваемости целым рядом инфекционных заболеваний, которые наблюдаются в Российской Федерации в последние годы, отмечается возрастание количества регистрируемых случаев диарейных инфекций вирусной этиологии. Данный рост связан не только с естественными изменениями истинных показателей заболеваемости, но и с внедрением в практику здравоохранения адекватных методов этиологической диагностики данных заболеваний. Оптимизация схем диагностики данной группы заболеваний в связи с вышеизложенным становится высокоактуальной.
Общеизвестно, что вирусные агенты занимают существенное место в
этиологической структуре острых кишечных инфекций у лиц различного возраста.
Особенно велика их роль в формировании спорадической заболеваемости ОКИ детей
и вспышечной заболеваемости в различных возрастных группах. В Российской
Федерации в последнее десятилетие произошло существенное изменение спектра
регистрируемых кишечных инфекций. При этом отмечается снижение либо
стабилизация показателей заболеваемости кишечными инфекциями
диагностируемыми методами классической бактериологии и возрастание показателей
заболеваемости инфекциями, требующими применения альтернативных
диагностических подходов.
Так, показатель заболеваемости бактериальной дизентерией в период 2002 –
2012гг снизился в 5,5 раза (с 55,72 до 10,14 на 100 тыс населения), брюшным тифом в
6,5 раза (с 0,13 до 0,02 на 100 тыс населения). Показатели заболеваемости
сальмонеллезом в аналогичный период времени существенно не изменились (34,27 в
2002 и 36,56 в 2012г). При этом в 5.5 раз возрос показатель заболеваемости
ротавирусной инфекцией (с 14,36 до 78,83 на 100 тыс населения). Такой
«интегральный» показатель как «Другие острые кишечные инфекции, вызванные
установленными бактериальными, вирусными возбудителями, а также пищевые
токсикоинфекции установленной этиологии» также вырос в 1.8 раза (с 84,64 до 154,8
на 100 тыс населения). Наряду с этим происходит актуализация учетных форм
заболеваемости. С 2008 года в форму №2 федерального статистического наблюдения
«Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях», введена регистрация
норовирусной инфекции и проведено разделение учета кишечных инфекций
установленной бактериальной и вирусной этиологии. За четыре года учета
заболеваемости норовирусной инфекцией количество зарегистрированных случаев
данного заболевания выросло в 5.5. раза (с 1284 в 2009 г до 6993 в 2012г). Данные
изменения в совокупности отражают эффективность внедрения в практику
здравоохранения современных методов диагностики заболеваний, актуальность
которых ранее недооценивалась, в частности кишечных инфекций вирусной этиологии.
Однако, несмотря на позитивный характер данной тенденции, нельзя не отметить наличие существенных различий в активности этиологической диагностики вирусных гастроэнтеритов в различных субъектах Российской Федерации. Одними из основных причин данной необъективности учета является отсутствие адаптированных для широкого применения в практике здравоохранения наборов реагентов для диагностики данных заболеваний, недостаточная разработка нормативной базы для рутинного применения методов их диагностики и недостаточный охват методами этиологической диагностики взрослых пациентов и пациентов с амбулаторной заболеваемостью.
Цель и задачи исследования
Цель настоящей работы – Выявление эпидемиологических и клиничеcких
особенностей острых кишечных инфекций вирусной этиологии на основе разработки
и внедрения в практику здравоохранения комплексной схемы их этиологической
диагностики и субвидовой характеристики возбудителей.
Для достижения поставленной цели определены следующие задачи:
1. Провести расширенное пилотное изучение этиологической структуры
спорадической (по данным госпитализации) и групповой заболеваемости ОКИ.
-
Определить спектр потенциальных патогенов для скрининговой этиологической диагностики ОКИ при спорадической и групповой заболеваемости в различных возрастных группах населения на основе оценки их распространенности и доказательной ассоциации с клиническими проявлениями острых инфекционных диарей.
-
Разработать адаптированные к практическому применению методики детекции и субвидовой характеристики возбудителей ОКИ вирусной этиологии и провести оценку эффективности их практического применения при групповой и спорадической заболеваемости кишечными инфекциями.
-
Установить особенности эпидемических проявлений ОКИ вирусной этиологии на территории РФ.
-
Определить распространенность субвидовых групп (геногрупп, генотипов, субтипов) основных вирусных патогенов на территории РФ.
-
Провести сравнительную характеристику клинических проявлений ОКИ различной этиологии. Провести анализ факторов, ассоциированных с развитием летальных исходов у детей на фоне заболеваний, протекающих с диарейным синдромом.
-
Разработать предложения по оптимизации этиологического мониторинга ОКИ вирусной этиологии как части системы эпидемиологического надзора.
Научная новизна работы
Впервые, на примере ОКИ, сформулирована концепция оптимизации мониторинга этиологической структуры синдромально сходных групп инфекционных заболеваний, которая включает в себя следующие конструктивные принципы:
1. Обязательность комплексного характера этиологической диагностики,
синдромально сходных групп заболеваний, обеспечивающего более точное
определение позитивного предсказательного значения исследований с учетом случаев
сочетанного выявления возбудителей.
2. Формирование перечня диагностических исследований с использованием
следующих критериев:
- достоверности ассоциации положительных результатов исследований с
клиническими проявлениями заболевания
- минимальной достаточности перечня проводимых исследований, определяемых
распространенностью возбудителей в обследуемой группе и трудозатратностью
исследований.
3. Пересмотр данного перечня при:
- статистически значимом снижении его эффективности (повышении доли КИНЭ).
- появлении данных об изменении клинической значимости отдельных патогенов
(изменение свойств циркулирующих или появление новых патогенов).
- модернизации (повышении эффективности, снижении себестоимости и
трудозатратности) лабораторной диагностики.
На основе предложенной концепции разработан и применен на практике набор реагентов для комплексной этиологической диагностики ОКИ.
Впервые проведен комплексный анализ территориального, возрастного и временного распределения заболеваемости кишечными инфекциями вирусной этиологии на территории Российской Федерации и разработата методологическая база для дальнейшего мониторинга данных показателей.
Впервые проведен объективный анализ территориальных особенностей сезонных изменений заболеваемости ротавирусной инфекцией в РФ за пятилетний период, выявлены территории с атипичной для основной части страны сезонностью (группы территорий инициации сезонных подъемов заболеваемости – Кировская, Костромская, Нижегородская области; Кемеровская область и Республика Хакасия; Хабаровский край и территории с летне-осенним подъемом заболеваемости – ЮФО и СКФО).
Впервые представлена генетическая характеристика вирусных возбудителей ОКИ на территории различных федеральных округов РФ. Определены превалирующие в период выполнения работы субтипы ротавирусов группы А (G4[P]8 - 42,5%, G1[P]8
- 19,7%, G3[P]8 – 15,2%), норовирусов (GII.4 - 30.9%, GII.1 -22,1%, GII.6 – 19,1%),
астровирусов человека (1d (33.2%), 1b (19.9%), 1a (15.6%)).
Впервые представлена сравнительная характеристика клинического течения острых кишечных инфекций вирусной и бактериальной этиологии у пациентов разного возраста, подтверждающая незаменимость лабораторных методов их этиологической диагностики.
Практическая значимость работы
Разработанная схема комплексной этиологической диагностики ОКИ успешно внедрена в практическую работу учреждений здравоохранения (объемы проводимых исследований в 2011-2012-2013гг: 69 – 105 – 142 тысяч исследований).
Внедрение комплексной этиологической диагностики ОКИ в практическую работу учреждений Роспотребнадзора позволило добиться повышения эффективности выявления возбудителей ОКИ вирусной природы в очагах групповой заболеваемости в период 2011-2013гг: в сравнении с использованием ИФА на антигены вирусных агентов на 2,5% для заболевших, 4,7% для лиц, подвергшихся риску заражения, и 28,2% для объектов окружающей среды, в сравнении с применением иммунохроматографических наборов реагентов – на 5,9% для заболевших и на 39,7% для лиц, подвергшихся риску заражения.
Возрастание колическтва регистрируемых случаев норовирусной инфекции в период с 2009 по 2013 гг в 8,2 раза, при превалирующем применении для ее диагностики разработанных наборов реагентов (в период 2011-2013гг в 87,1% очагов групповой заболеваемости) свидетельствуют о высокой эффективности их практического применения.
Данные, полученные при сравнительной характеристике клинического течения острых кишечных инфекций вирусной и бактериальной этиологии у пациентов разного возраста, свидетельствуют об ограниченных возможностях их дифференцировки на основании клинической симптоматики и подтверждают незаменимость лабораторного этиологического мониторинга.
Данные об активности циркуляции ротавирусов гр А и территориальных особенностях сезонной заболеваемости РВИ в РФ позволяют провести более объективный выбор территорий для определения факторов, влияющих на активацию эпидемического процесса при РВИ.
Данные о генетической вариабельности возбудителей кишечных инфекций вирусной этиологии на территории различных федеральных округов РФ положены в основу динамического мониторинга за их популяциями, осуществляемого Референс-центром по мониторингу возбудителей ОКИ.
Внедрение в практику
Получены регистрационные удостоверения на наборы реагентов, для комплексной этиологической диагностики ОКИ, предназначенные для выявления ротавирусов человека группы А, норовирусов II геногруппы, астровирусов человека, аденовирусов
человека группы F (40, 41 типы), а также комплекса наиболее распространенных
бактериальных патогенов (микроорганизмов рода Salmonella, Shigella,
энтероинвазивных E coli (EIEC), термофильных видов рода Campylobacter): «АмплиСенс ОКИ скрин-FL» № ФСР 2008/02265 «АмплиСенс Rotavirus/Norovirus/Astrovirus-FL» № ФСР 2008/02268
«АмплиСенс Shigella/Salmonella/Campylobacter-FL» № ФСР 2008/03087 С участием автора разработаны и внедрены в практику учреждений здравоохранения следующие нормативные документы:
- МУК 4.2.2746-10. «Методы контроля. Биологические и микробиологические
факторы. Порядок применения молекулярно-генетических методов при обследовании
очагов острых кишечных инфекций с групповой заболеваемостью»
- МУ 3.1.1.2957-11. «Эпидемиологический надзор, лабораторная
диагностика и профилактика ротавирусной инфекции»
МУ 3.1.1.2969-11 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика норовирусной инфекции».
СП 3.1.1.3108-13 «Профилактика острых кишечных инфекций»
Личное участие автора
Планирование исследования, включающее анализ данных литературы, формирование критериев отбора пациентов в обследуемые группы, обоснование и выбор эпидемиологических, клинических и лабораторных методов исследования, методов статистической обработки результатов.
Разработка наборов реагентов для комплексной этиологической диагностики ОКИ, включая разработку его дизайна, определение перечня детектируемых возбудителей, методик выявления их маркеров, проведение лабораторного этапа разработки, подготовка документации и проведение его государственной регистрации. Разработка методик субвидовой характеристики ротавирусов, норовирусов, астровирусов человека.
Организация сбора, транспортировки образцов клинического материала,
лабораторного иследования части образцов. Организация сбора клинической и эпидемиологической информации. Разработка и ведение базы данных (Access). Проведение анализа и интерпретации данных клинических, эпидемиологических и лабораторных исследований. Сбор и анализ данных по оценке сравнительной эффективности внедрения разработки в практику учрежденй здравоохранения. Написание методических документов.
Методики лабораторной диагностики и существующие подходы к комплексной этиологической диагностике ОКИ вирусной природы
Геном калицивирусов представлен одноцепочечной РНК позитивной полярности, размером от 7.3 до 8.3 т.н.о. и содержит от 2 до 4 открытых рамок считывания (ORFs). ORF2 кодирует большой (VP1) и ORF3 – малый (VP2) капсидные белки [254]. ORF1 кодирует большой полипротеин, который расщепляется на NS1 – NS7 протеины, протеазой вируса (NS6pro) [58, 74, 206, 222]. NS1-2 и NS4 ответственны за нарушения клеточного метаболизма, NS7 – является РНК-зависимой РНК полимеразой (RdRp), NS3 – АТФазой. [33, 91, 141, 271].
Характерной особенностью данного семейства вирусов является наличие ковалентно связанного с геномной РНК пептида VPg (viral protein genome linked), ответственного за взаимодействие вириона с клеткой [64]. Геномная организация различных родов сем Caliciviridae представлена на рис. 1.5.
Данный род включает 5 геногрупп (GI-GV), из которых три (CI, GII и GIV) инфицируют человека. Деление на 5 геногрупп основано на различиях в структуре VP1 [252, 344]. Ранее предлагались варианты классификации геногрупп, основанные на оценке вариабельности аминокислотных последовательностей трех открытых рамок считывания или комбинации ORF1 и ORF2 (RdRp и VP1) [192, 225, 316].
Геногруппы в свою очередь подразделяются на геноварианты (субгенотипы) с учетом различий в нуклеотидных последовательностях генов полимеразы или капсида. Первоначальное представление о достаточности характеристик изолятов норовирусов по одному из данных участков генома впоследствии было пересмотрено в связи с выявлением высокой частоты рекомбинации с «горячей точкой» в области наложения ORF1 и ORF2 [63]. После проведения 4-й интернациональной конференции по калицивирусам ( 4th international meeting Calicivirus Conference) в Чили в 2010 году усилиями сформированной интернациональной рабочей группы были предложены новые принципы номенклатуры норовирусов. Характеристика генотипов при этом должна базироваться на одновременном определении типов полимеразы и капсида (ORF1 и ORF2). По предложенным правилам наименование штаммов должно включать наименование хозяина (Hu (human), Bo (bovine), Mu (murine), Po (porcine), Ca (canine)), страну и год изоляции, геногруппу и генотип (по ORF1 и ORF2), идентификатор (чаще – название города и номер изолята) [290].
В соответствии с данными предложениями в настоящее время коллективом авторов Национального института общественного здравоохранения и контроля окружающей среды (Нидерланды) (Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)), разработана прикладная классификация норовирусов, в соответствии с которой у норовирусов 1 геногруппы (GI) выделяют 12 генотипов по гену полимеразы – (GI.P1 - GI.P9, GI.Pa, GI.Pb, GI.Pc, GI.Pd, GI.Pf) и 9 – по гену капсида (GI.1- GI.9), у норовирусов 2 геногруппы (GII) - 24 генотипов по гену полимеразы – (GII.P1 - GII.P22, GII.Pe, GII.Pg) и 21 - по гену капсида (GII.1 – GII.21) [290]. Данные по количеству описанных генотипов норовирусов подлежат регулярному пересмотру и быстро устаревают. В пределах каждого генотипа выделяют несколько геновариантов норовирусов. В связи с превалирующей распространенностью и эпидемиологическим значением GII.4 генотипа норовирусов, много работ посвящено описанию его новых субгенотиповых вариантов, приодически появляющихся в циркуляции и получающих широкое распространение в популяции [138, 215, 229, 253]. Такими вариантами GII.4, получившими глобальное распространение, и циркулировавшими ограниченный период времени, были варианты GII.4/2002 Farmington Hills (2002–2006гг), GII.4/2004 Hunter (2003–2008гг), GII.4/2006a Yerseke/Laurens (2006–2009гг), GII.4/2006b Minerva/Den Haag (2006–2010гг), GII.4/2010 New Orleans (2008–2010гг). С 2012 года отмечается превалирующая циркуляция варианта GII.4/2012 Sydney. Род Sapovirus Саповирусы получили свое название по месту своей первой изоляции в японской провинции Sapporo в октябре 1977г при вспышке кишечной инфекции у детей [48]. Род Sapovirus включает пять геногрупп (I-V), представители I, II, IV и V геногрупп способны вызывать заболевания у человека. Третья геногруппа (GIII), ассоциирована с заболеваниями свиней [161, 163]. Саповирусы первой геногруппы включают 8 генотипов (GI/1-8), второй – 5 (GII/1-5), остальных (GIII-GV) по одному генотипу [194] . Семейство Astroviridae Астровирусы были впервые открыты в 1975г во время вспышки кишечной инфекции при исследовании фекалий пациентов с применением электронной микроскопии [226]. Семейство Astroviridae, представлено мелкими (28-30нм) вирионами, лишенными липидной оболочки имеющими сферическую форму и икосаэдральную симметрию [203].
Геном астровирусов представлен линейной одноцепочечной РНК позитивной полярности, размером 6,8-7,0 kb и содержит три перекрывающихся открытых рамки считывания (ORF1a, ORF1b и ORF2). ORF1a и ORF1b кодируют соответственно вирусную протеазу и полимеразу. Особенностью экспрессии генов неструктурных белков астровирусов является образование двух вариантов полипротеинов Nsp1a и Nsp1ab с использованием механизма рибосомального фрейм-шифта (рис. 1.6).
Регистрация клинической и эпидемиологической информации о случаях заболевания
Разработка набора реагентов на основе МАНК Разработка наборов реагентов включала этапы: - анализа текущего материально-технического оснащения лабораторий учреждений Роспотребнадзора и ЛПУ в РФ и перспектив его развития в ближайшие годы. - анализа представленных в литературе методик, с учетом возможности их адаптации к условиям применения в РФ - выбор оптимального формата набора реагентов - выбор дизайна олигонуклеотидов - Внутрилабораторные испытания разработанных наборов реагентов Анализ материально-технического оснащения лабораторий учреждений Роспотребнадзора и ЛПУ в РФ по состоянию на 2007г и перспектив его развития в ближайшие годы позволил выявить тенденцию к увеличению востребованности практическими лабораториями оборудования для проведения ПЦР исследований с детекцией продуктов амплификации с применением флуоресцентно меченых зондов (ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации). Причинами увеличения частоты использования такого оборудования стала его способность обеспечивать более высокую контаминационную защищенность аналитического процесса. Распространение получили два основных класса данного оборудования – амплификаторы с возможностью детекции флуоресцентного сигнала в процессе амплификации (“RealTime” амплификаторы) и флуоресцентные детекторы, позволявшие получать данные о накоплении флуоресцентного сигнала после окончания амплификации (детекция по «конечной точке» или “End Point” детекция).
Основной тенденцией производителей “RealTime” амплификаторов было увеличение числа оптических каналов детекции, обеспечивающих возможность детекции большего количества матриц (мишеней) в одной пробирке (реакционной смеси). По состоянию на 2007 год наибольшее распространение имели приборы с двумя и тремя оптическими каналами детекции (FAM/SybrGreen, JOE/HEX и ROX). Флуоресцентные детекторы имели только два канала детекции (FAM/SybrGreen, JOE/HEX) и имели достаточно широкое распространение на территории РФ по причине более низкой, в сравнении с “RealTime” амплификаторами стоимости. Таким образом, анализ материально-технического оснащения лабораторий учреждений Роспотребнадзора и ЛПУ позволил выявить перспективность создания наборов реагентов в формате регистрации флуоресцентного сигнала в процессе амплификации и по ее окончании при использовании приборов с двухканальной детекцией. Анализ представленных в литературе методик, с учетом возможности их адаптации к условиям применения в РФ позволил констатировать отсутствие промышленно производимых наборов реагентов и экспериментальных методик (как в РФ так и за ее пределами), предназначенных для комплексного решения задач этиологической диагностики ОКИ. По состоянию на 2005-2007гг в литературе имели место описания отдельных методик детекции ротавирусов, норовирусов, аденовирусов, с применением удовлетворяющего нашим условиям формата исследования, но не предлагались форматы одновременного выявления всего комплекса патогенов (данные представлены в главе 1 обзор литературы). Дизайн олигонуклеотидов, описанный в данных публикациях не обеспечивал возможности их одновременного применения в реакционной смеси для снижения себестоимости и трудозатрат при исследованиях. В представленных разработках также не находила отражения единая задача этиологической верификации комплекса вирусных и бактериальных патогенов, ассоциированных с развитием ОКИ. Выбор оптимального формата набора реагентов проводился с учетом вышеизложенных особенностей материально-технического оснащения медицинских лабораторий в РФ и возможности обеспечения исследований на выбранный спектр патогенов с возможно более низкими трудозатратами и себестоимостью исследований.
На основании данных о наличии на территории РФ “RealTime” амплификаторов, преимущественно с двухканальной детекцией с учетом перспектив увеличения количества каналов был выбран формат ПЦР с двухканальной гибридизационно-флуоресцентной детекцией. Вариант применения интеркалирующих агентов не рассматривался по причине перспектив модификации наборов реагентов с увеличением каналов детекции и потенциально более низкой специфичности детекции.
Выбор дизайна олигонуклкотидов проводился с учетом возможности обеспечения формата исследования с детекцией флуоресцентного сигнала не только в процессе, но и по окончании амплификации (по причине высокой распространенности в РФ флуоресцентных детекторов), а также возможности объединения детекции нескольких матриц (выявления НК нескольких патогенов) в одной реакционной смеси (реакционной пробирке). Для детекции каждого патогена были разработаны несколько альтернативных методик и последующим выбором оптимальной по критериям специфичности и относительной чувствительности. Прямой и обратный олигонуклеотиды в выбранных методиках обеспечивали получение продукта амплификации размером от 112 до 286 п.н.о. для различных мишеней. Краткая информация по разработанным методикам представлена в таб. 3.10.
Итоги внедрения наборов реагентов для этиологической диагностики ОКИ в практику здравоохранени и сравнительная оценка эффективности различных методов лабораторной диагностики ОКИ в практике учреждений Роспотребнадзора
Наиболее часто у пациентов с ОКИ различной этиологии наблюдался жидкий каловый стул. Стул водянистой консистении у детей наиболее часто наблюдался при ротавирусной (21%) и норовирусной (15%) инфекциях. У взрослых пациентов водянистая консистенция стула встречалась чаще, чем у детей (сальмонеллез – 30%, ротавирусная инфекция – 26%, норовирусная инфекция – 23%).
Часть детей с острыми кишечными инфекциями вирусной этиологии получали антибиотикотерапию, которая была назначена в стационере в связи с ошибочными представлениями об этиологии ОКИ. На рисунке 5.11. представлено сопоставление частоты диарейного синдрома и сроки нормализации консистенции стула у детей в возрасте до 5 лет с ротавирусной инфекцией в группах получавших и не получавших антибиотикотерапию.
Кратность диареи и сроки нормализации консистенции стула у детей с ротавирусной инфекцией в возрасте до 5 лет при назначении необоснованной антибиотикотерапии.
У детей, получавших необоснованную антибиотикотерапию, наблюдалась более медленная нормализация консистенции стула, чем при проведении симптоматической терапии. В первые дни приема антибиотиков отмечалась большая кратность диареи, однако возможно, что это было одной из причин их назначения. На сроки нормализации частоты стула применение антибиотиков не влияло.
Клиническая картина заболеваний, вызываемых редко выявляемыми возбудителями ОКИ Для заболеваний, ассоциированных с относительно редко выявляемыми патогенами, не представлялось возможным дать статистическое распределение частоты регистрации клинической симптоматики. Тем не менее, особенности клинических проявлений заболеваний, ассоциированных с ротавирусами грС, норовирусами I геногруппы, саповирусами, представляют определенный интерес в связи редкостью таких клинических наблюдений. Сопоставление частоты дефекации и консистенции стула у пациентов с заболеваниями, вызываемыми редко выявляемыми патогенами и таксономически близкими возбудителями, имеющими высокую распространенность (моноинфекции), представлено в таблице 5.7
Вопросам дифференциальной диагностики острых кишечных инфекций и пищевых токсикоинфекций, определяющим оптимальную терапевтическую тактику, а также распространенным ошибкам патогенетической терапии этих заболеваний в отечественной литературе традиционно уделялось большое внимание [11, 12, 21].
У детей младших возрастных групп наиболее часто наблюдается тяжелое течение и летальные исходы при острых диарейных инфекциях [71, 117, 168]. Доля детей в возрасте до 17 лет в 2011г составляла около 18% от общего количества населения в Российской Федерации. По данным федерального статистического наблюдения (форма №2 «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях») в 2011 году на данную возрастную группу приходилось 64% от общего количества летальных исходов острых кишечных инфекций.
Сопоставление данных формы №2 Федерального статистического наблюдения «Сведения об инфекционных и паразитарных заболеваниях» за 2012 год и регламентной таблицы раздела «Естественное движение населения» Федеральной службы государственной статистики позволяет выявить противоречивую информацию, которая может косвенно свидетельствовать о тенденции к регистрации части летальных исходов от ОКИ под «неинфекционными» диагнозами (МКБ, класс IX, блоки К20-31, К50-52, К55-63). С другой стороны, распространенность диарейной симптоматики у детей младшего возраста при острой инфекционной патологии с тяжелым течением часто может служить причиной гипердиагностики диарейных инфекций. Существенную практическую ценность для специалистов педиатрического профиля имеет информация о возможной этиологии острых заболеваний с диарейной симптоматикой, приводящих к летальным исходам и потенциальных факторах, усугубляющих тяжесть течения данной патологии у детей младшего возраста. В период 2012-2013гг в соответствии с п.п. 6.3.3. МУ 3.1.1.2957-11 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика ротавирусной инфекции» лабораторному исследованию подвергался аутопсийный материал при регистрации летального исхода на фоне острого диарейного заболевания у детей в возрасте младше 5 –ти лет. С учетом возможной ассоциации летальных исходов с широким спектром острой инфекционной патологии, сопровождающейся диарейной симптоматикой, исследовали следующие типы материала: аутоптат головного мозга и мозговых оболочек, легкого, трахеи и бронхов, печени, селезенки, почек, сердца, тонкой и толстой кишки с содержимым. Для тестирования образцов аутопсийного материала использовали комплекс наборов реагентов российского производства для проведения ПЦР-исследований (семейство Амплисенс, ФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» Роспотребнадзора), разрешенных к применению на территории РФ в установленном порядке, и лабораторных методик, используемых в работе референс-центров.
Для контроля влияния на результаты исследования последствий перекрестной контаминации между разными типами аутопсийного материала, которое имеет место при проведении вскрытия, все исследования проводили в формате Realime ПЦР с определением величины порогового цикла, коррелирующей с концентрацией патогена. При одновременном выявлении ДНК/РНК патогена в нескольких типах аутопсийного материала интерпретировали только случаи их выявления в локусах с максимальной концентрацией. Оценка приблизительного содержания ДНК/РНК патогенов проводилась по величине порогового цикла (Ct) по отношению к среднеклиническим концентрациям, характерным для острой фазы заболевания.
Особенности сезонных подъемов заболеваемости ротавирусной инфекцией на территории РФ
Изменение данных показателей связано не только с естественными изменениями истинных показателей заболеваемости, но и с улучшением регистрации случаев заболеваний и внедрением в практику здравоохранения более эффективных методов их этиологической диагностики, лежащих в основе эпидемиологического надзора за данной группой заболеваний.
С точки зрения повышения эффективности эпидемиологического надзора за ОКИ различной этиологии значительную проблему представляет наличие существенных различий в объемах и качестве их этиологической диагностики между различными субъектами Российской Федерации. Одними из основных причин данной необъективности учета является отсутствие адаптированных для широкого применения в практике здравоохранения наборов реагентов для диагностики данных заболеваний, недостаточная разработка нормативной базы для их рутинного применения и недостаточный охват исследованиями пациентов, обращающихся за медицинской помощью. В связи с вышеизложенным задача оптимизации схем этиологической диагностики данной группы заболеваний как элемента эпидемиологического надзора приобрела высокую актуальность.
Работа посвящена выявлению эпидемиологических и клинических особенностей острых кишечных инфекций вирусной этиологии с применением комплексной схемы их этиологической диагностики и субвидовой характеристики возбудителей. Достижение данной цели исследования осуществлялось в несколько взаимосвязанных этапов, на каждом из которых последовательно решались несколько задач.
На первом этапе работы было проведено обследование госпитализированных со спорадическими случаями ОКИ детей (n=5275) и взрослых пациентов (n=2529), а также пациентов различного возраста из очагов групповой заболеваемости ОКИ (n=1185). Группу сравнения составили 268 детей и 124 взрослых без клинических проявлений острых кишечных инфекций на момент обследования и в период 14 дней до его проведения. Расширенный перечень исследований формировался в соответствии с данными литературы о превалирующей роли наиболее распространенных возбудителей в формировании заболеваемости ОКИ [29, 34, 44, 52, 353]. В него были включены ротавирусы групп А и С, норовирусы I и II геногрупп, астровирусы, аденовирусы (методика выявления всего комплекса аденовирусов человека и методика селективного выявления группы F), саповирусы, а также сальмонеллы, термофильные кампилобактерии, шигеллы в комплексе с энтероинвазивными E.coli.
При анализе полученных данных о этиологической структуре ОКИ была проведена оценка распространенности данных патогенов в изучаемых группах пациентов и достоверность различий в частоте их выявления у пациентов с симптоматикой ОКИ и клинически здоровых лиц.
Для таких потенциальных возбудителей как ротавирусы гр С, норовирусы 1 геногруппы, саповирусы, аденовирусы (при применении методики выявления всех групп аденовирусов) не было выявлено достоверных различий в частоте их выявления у клинически здоровых лиц и пациентов с симптоматикой ОКИ (p 0.05, Pearson 2). При ранжировании по распространенности в обследуемых группах данные патогены характеризовались минимальной распространенностью как при спорадической, так и при групповой заболеваемости ОКИ (частота их выявления составляла менее 3%). Эти результаты соответствовали данным зарубежных исследований, в соответствии с которыми ротавирусы группы С выявлялись у 0,23-4,0% пациентов с ОКИ [94, 152], саповирусы в 1,8 – 9% [162], норовирусы I геногруппы составляли от 0 до 25% от общей частоты обнаружения норовирусов, равной в среднем 12% ( т.е. 0-3% от количества пациентов с ОКИ) [325].
Несмотря на достаточно высокую распространенность аденовирусов всех групп среди пациентов с ОКИ они характеризовались высокой частотой обнаружения у клинически здоровых лиц и отсутствием достоверной ассоциации между фактом их выявления и наличием клинической картины заболевания. На втором этапе исследования на основании данных о распространенности и достоверности ассоциации выявления патогенов с наличием клинической симптоматики заболевания, был определен перечень потенциальных патогенов для скрининговой этиологической диагностики ОКИ, в который были включены ротавирусы группы А, норовирусы II геногруппы, астровирусы человека, аденовирусы группы F, а также исходя из приоритетности практических задач – микроорганизмы рода сальмонелла, термофильные кампилобактерии и комплекс шигелл и энтероинвазивных E coli.
На основании полученных данных были сформированы требования к разрабатываемому диагностическому препарату на основе МАНК, адаптированному для практического применения в учреждениях здравоохранения РФ, решающих задачу комплексной этиологической диагностики инфекционных диарей. Внутри- и межлабораторные и государственные испытания данного набора реагентов, проведенные по окончании разработки, подтвердили его высокие аналитические характеристики.