Электронная библиотека диссертаций и авторефератов России
dslib.net
Библиотека диссертаций
Навигация
Каталог диссертаций России
Англоязычные диссертации
Диссертации бесплатно
Предстоящие защиты
Рецензии на автореферат
Отчисления авторам
Мой кабинет
Заказы: забрать, оплатить
Мой личный счет
Мой профиль
Мой авторский профиль
Подписки на рассылки



расширенный поиск

Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений Ершов, Никита Игоревич

Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений
<
Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений
>

Диссертация, - 480 руб., доставка 1-3 часа, с 10-19 (Московское время), кроме воскресенья

Автореферат - бесплатно, доставка 10 минут, круглосуточно, без выходных и праздников

Ершов, Никита Игоревич. Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений : диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.07 / Ершов Никита Игоревич; [Место защиты: Ин-т цитологии и генетики СО РАН].- Новосибирск, 2011.- 120 с.: ил. РГБ ОД, 61 11-3/661

Введение к работе

Выяснение причин злокачественного перерождения клеток млекопитающих является одной из важных задач молекулярной генетики. Данные последних лет указывают на существенную роль в развитии злокачественных новообразований эпигенетических механизмов, в частности, нарушений в регуляторпом аппарате клеток, приводящих к дисбалансу процессов пролиферации, дифференцировки и апоптоза в клеточных сообществах различных органов и тканей. Известно, что большое значение для поддержания баланса этих процессов имеют регуляторные белки - факторы транскрипции, контролирующие экспрессию множества генов, в том числе ответственных за пролиферацию и дифференцировку различных типов клеток.

Одним из ключевых звеньев в регуляции процессов дифференцировки клеток печени являются факторы транскрипции подсемейства FoxA. В предыдущих исследованиях нашей лаборатории были получены данные, свидетельствующие об опухолесупрессорных свойствах этих белков в ходе химически индуцированного гепатоканцерогенеза [Kropachev ct al., 2001; Merkulova et al., 2005]. В частности, было установлено, что введение мышам и крысам 3 -метил-4-диметиламиноазобензола (З'-МеДАБ) приводит к снижению FoxA ДНК-связывающей активности в печени крыс, чувствительных к его опухолеиндуцирующему действию, но не мышей, у которых данное соединение не вызывает развития опухолей. Наоборот, введение животным орто-аминоазотолуола (ОАТ), гепатоканцерогешюго только для мышей, сопровождается снижением FoxA ДНК-связывающей активности только в печени мышей. В ходе поиска связанных с контролем пролиферации и апоптоза генов-мишеней FoxA, уровень экспрессии которых существенно менялся в ответ на введение животным генатоканцерогепов, в регуляторных районах таких генов был обнаружен новый тип сайтов связывания FoxA белков, представляющий собой тандемный повтор тетрануклеотида TTTG [Брызгалов и др., 2008]. Известно, что микросателлитные повторы часто являются сайтами связывания нескольких близкородственных белков. Поскольку ДНК-связывающие домены Fox белков характеризуются высокой степенью гомологии, можно ожидать, что с обнаруженным микросателлитом (TTTG)n могут связываться не только члены подсемейства FoxA, но и другие белки семейства Fox. Изучение этого вопроса представляет значительный интерес, поскольку для многих представителей этого семейства показана их роль как в супрессии, так и в стимуляции развития опухолей.

В настоящее время одним из основных подходов к изучению моделей химически индуцированного канцерогенеза в современной токсикогеномике является анализ изменения профиля экспрессии генов в ответ на то или иное канцерогенное соединение. Широкомасштабное профилирование экспрессии позволяет эффективно обнаруживать характерные маркеры злокачественного перерождения клеток, а также в ряде случаев выявлять основные биохимические процессы и регуляторные каскады, задействованные в процессах химического канцерогенеза. Поскольку ранее получены данные о видоспецифическом влиянии гепатоканцерогенных аминоазокрасителей на активность ряда факторов транскрипции в клетках печени, становится очевидным, что наблюдаемые изменения в ансамбле регуляторных белков клетки должны отразиться, в первую очередь, на уровне экспрессии контролируемых ими генов-мишеней. Сопоставление изменений профиля экспрессии таких генов в печени крыс под действием гепатоканцерогенного З'-МеДАБ и близкого ему по структуре, но слабоканцерогенного ОАТ служит отправной точкой в идентификации генов и контролирующих их экспрессию факторов, задействованных в реализации гепатоканцерогенных свойств аминоазосоединсний.

Цель и задачи исследования

Целью исследования было выявление ранних изменений в транскриптоме печени под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений З'-МеДАБ и ОАТ и роли факторов транскрипции семейства Fox в этих процессах.

Для этого были поставлены следующие задачи:

  1. Выявление факторов транскрипции в клетках печени крыс и мышей, связывающихся с микросателлитными ДНК-сайтами (TTTG)n.

  2. Исследование влияния гепатоканцерогенных аминоазокрасителей ОАТ и 3'-МеДАБ на FoxO ДНК-связывающую активность в печени мышей линии ICR и крыс Wistar, соответственно.

  3. Проведение широкомасштабного микрочипового анализа изменения экспрессии генов в печени крысы в ответ на высококанцерогенный для крыс З'-МеДАБ и слабоканцерогенный ОАТ.

  4. Выявление функционально связанных кластеров дифференциально экспрессирующихся генов на основе данных из баз Gene Ontology, KEGG и литературы.

  5. Поиск потенциальных сайтов связывания белков FoxA в промоторных районах дифференциально экспрессирующихся генов и их выборочная экспериментальная проверка. Оценка обогащения групп дифференциально экспрессирующихся генов потенциальными генами-мишенями FoxA.

6. Выборочная проверка методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени данных микрочипового анализа по изменению экспрессии генов, связанных с регуляцией пролиферации, в ответ на З'-МеДАБ и/или О AT.

Научная новизна

Впервые получены данные по масштабному изменению экспрессии генов в печени крыс под действием двух аминоазосоединений с различным гепатоканцерогенным потенциалом - слабоканцерогенного ОАТ и высококанцерогенного З'-МеДАБ. Установлено, что эти близкие по структуре соединения вызывают изменения экспрессии различных функциональных груші генов. З'-МеДАБ, в отличие от ОАТ, приводит к значительно более выраженному изменению экспрессии генов, связанных с регуляцией апоптоза и клегочного цикла. Напротив, в ответ на ОАТ, но не З'-МеДАБ, наблюдалась индукция большого числа генов, продукты которых участвуют в метаболизме ксенобиотиков и ответе па окислительный стресс.

Впервые показано, что введение мышам гепатоканцерогенного для них ОАТ и крысам гепатоканцерогенного для них З'-МеДАБ приводит к снижению ДІІК-связывающей активности опухолевого супрессора Fox03 в клетках печени этих животных. Обнаружено, что тандемные повторы (TTTG)n с числом звеньев более трех являются общими сайтами связывания для факторов транскрипции FoxA и FoxO. Выявлено значительное увеличение экспрессии четырех потенциальных генов-мишеней FoxA/FoxO, содержащих этот тип сайта, Ccngl, TnfrsfHa, Klf6 и Репа, в ответ на введение крысам З'-МеДАБ, но не ОАТ.

Теоретическая и практическая значимость

Разработанная совместно с сотрудниками лаборатории теоретической генетики СО РАН система поиска сайтов связывания транскрипционных факторов FoxA может быть использована как аналитический инструмент для выявления и анализа представленности генов-мишеней FoxA. Материалы данной диссертации используются при чтении лекций по спецкурсу «Новейшие молекулярно-генстические технологии» на кафедре информационной биологии ФЕН НГУ.

Положения, выносимые на защиту

Близкие по структуре аминоазосоединсния З'-МеДАБ и ОАТ обладают значительными различиями в спектре индуцируемых изменений профиля экспрессии генов в клетках печени крыс. Гепатоканцерогснный для крыс 3'-МеДАБ инициирует выраженные изменения экспрессии ряда генов, связанных с регуляцией апоптоза и клеточного цикла. Слабоканцерогенный для крыс ОАТ

вызывает значительное увеличение экспрессии генов, продукты которых участвуют в метаболизме ксенобиотиков и ответе на окислительный стресс.

Прямые тандемные повторы тетрануклеотида TTTG с числом звеньев более трех являются сайтами связывания транскрипционных факторов подсемейства FoxO. З'-МеДАБ вызывает значительное увеличение экспрессии содержащих микросателлитные сайты (TTTG)n потенциальных генов-мишеней транскрипционных факторов FoxA/FoxO: Ccngl, Tnfrsfl2a, Klf6 и Репа.

Апробация работы и публикации

Результаты работы были представлены на II Съезде общества клегочной биологии совместно с юбилейной конференцией, посвященной 50-летию Института цитологии РАН (Санкт-Петербург, 16-19 октября 2007) и 34th FEBS Congress (Чехия, Прага, 3-9 июля 2009) . По теме диссертации опубликовано 4 статьи в рецензируемых отечественных журналах.

Структура и объем работы

Похожие диссертации на Ранние изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенных аминоазосоединений