Содержание к диссертации
Введение
Глава 1. Обзор литературы 10
1.1. Общая характеристика вируса гепатита Е 10
1.1.1 Классификация 11
1.1.2 Физико-химические свойства и структура вирион 11
1.1.3 Структура генома 12
1.1.4 Репликация вируса гепатита Е 13
1.1.5.Генотипическое разнообразие ВГЕ 14
1.1.6. Патогенез и клинические проявления гепатита Е у людей 17
1.2. Гепатит Е в эндемичных регионах 21
1.3. Гепатит Е в неэндемичных регионах 22
1.3.1. Частота обнаружения анти-ВГЕ в неэндемичных регионах среди различных групп населения 24
1.4. Лабораторные модели для изучения вируса гепатита Е 28
1.5. Вирус гепатита Е — зоонозная инфекция
1.5.1. Частота обнаружения анти-ВГЕ у свиней в эндемичных и неэндемичных регионах 30
1.5.2. Молекулярная эпидемиология ВГЕ свиней 31
1.5.3. Патогенез и клинические проявления гепатита Е у свиней 37
1.5.4. Пути передачи вируса у свиней 40
1.5.5. Гепатит Е у других животных 41
1.5.6. Частота обнаружения антител к ВГЕ у людей, имеющих профессиональный контакт с животными 43
1.5.7. Заражение людей гепатитом Е от животных 45
Заключение по обзору литературы 50
Глава 2. Собственные исследования 51
2.1. Материалы исследования 51
2.2. Методы исследования 53
2.2.1. Сбор образцов 53
2.2.2. Выделение РНК 53
2.2.3. Амплификация фрагментов ДНК в ПНР 54
2.2.4. Определение нуклеотидной последовательности ДНК 55
2.2.5. Анализ нуклеотидных последовательностей 55
2.2.6. Методы статического анализа результатов исследований 58
Глава 3. Результаты 59
3.1 Испытания системы для выявления РНК вируса гепатита Е методом
обратной транскрипции-полимеразной цепной реакции 59
3.2 Определение возраста свиней, в котором наиболее часто выявляется ВГЕ инфекция 63
3.3. Частота выявления ВГЕ-инфекции среди поголовья свиней в Российской Федерации 64
3.4. Генетическое разнообразие ВГЕ-инфекции среди поголовья свиней в Российской Федерации 69
Глава 4. Обсуждение 93
Выводы 101
Рекомендации по использованию научных выводов 103
Библиографический список литературы 1
- Физико-химические свойства и структура вирион
- Частота обнаружения анти-ВГЕ в неэндемичных регионах среди различных групп населения
- Амплификация фрагментов ДНК в ПНР
- Частота выявления ВГЕ-инфекции среди поголовья свиней в Российской Федерации
Физико-химические свойства и структура вирион
Клиническая картина ГЕ сходна с наблюдаемой при ГА и варьирует от субклинических форм до фульминантного гепатита [69]. ВГЕ обладает прямым цитопатическим действием и вызывает цитолиз гепатоцитов. Считается, что иммунопатологические механизмы не имеют существенного значения в патогенезе ГЕ. Инкубационный период при ГЕ имеет продолжительность в среднем около 40 дней с колебаниями от 14 до 60 дней. Выделение вируса с фекалиями начинается в преджелтушном периоде и заканчивается с появлением желтухи [15]. Преджелтушный период продолжается обычно 3-7 дней и сопровождается нарастающей общей слабостью, диспепсическим синдромом, иногда возникают боли в суставах и диарея. Возможно повышение температуры тела. При появлении желтухи состояние больных, как правило, не улучшается. Этот период характеризуется наличием гепатомегалии, в крови повышен уровень билирубина и аминотрансфераз: аланинаминотрансферазы (АлАТ) и аспартатаминотрансферазы (Ac AT). Подъем уровней аминотрансфераз совпадает по времени, или несколько опережает появление желтухи. В неосложненных случаях желтушный период длится 12-15 дней, полное выздоровление наступает через месяц.
Характерный признак ГЕ у людей - тяжелое течение заболевания у беременных женщин с большим числом летальных исходов. На эндемичных по ВГЕ-инфекции территориях уровень смертности среди беременных может достигать 20%. ГЕ проявляется как тяжелая быстро прогрессирующая инфекция, частота и тяжесть симптомов которой возрастает с увеличением срока беременности, вследствие развития острой печеночной недостаточности (фульминантного гепатита).
Причины избирательной тяжести течения ВГЕ-инфекции у беременных, не наблюдающийся при вирусных гепатитах иной этиологии, в настоящее время остаются не известными. Предполагается роль генотипа ВГЕ в развитии фульминантного гепатита при беременности. Так исследования, проведённые в Северной Индии, показали, что смертность от генотипа 1 ВГЕ у беременных составляет 39,1%-63,б% [28,175]. Однако, исследования, проведенные в Южной Индии [163] и Египте [179], напротив, выявили низкую смертность среди беременных от ГЕ 1 генотипа субтипа 1А (3,4%). Полученные результаты, по-видимому, предполагают наличие других факторов, невирусной природы, ответственных за высокую смертность среди беременных в других регионах [145].
До последнего времени считалось, что ВГЕ-инфекция не имеет хронического течения. Однако P. le Coutre с соавт. [113] описали случай хронической ВГЕ-инфекции у иммуносупрессивного пациента, перенёсшего трансплантацию стволовых клеток крови. Период виремии составил 14 недель. Схожие результаты также были получены N. Kamar с соавт. [102] при изучении случаев острого гепатита Е у 14 пациентов, перенесших пересадку печени, почек и поджелудочной железы. У всех пациентов была выявлена РНК ВГЕ. У 8 пациентов развилась картина хронической ВГЕ-инфекции с высокими показателями печёночных ферментов, обнаружением РНК ВГЕ 3 генотипа и гистологической картиной, характерной для хронического гепатита (ХГ). При ретроспективном исследовании архивных образцов сывороток от двух пациентов, перенесших трансплантацию печени, Е.В. Haagsma с соавт. [87] установили, что у пациента №1 через 2 месяца после трансплантации развился ХГ Е, перешедший в дальнейшем в цирроз. После повторной пересадки через 7 лет, РНК ВГЕ выявилась повторно, впоследствии развился ХГ. В сыворотках крови, как при первой, так и при повторной трансплантации была выявлена РНК ВГЕ 3 генотипа. У пациента №2 после пересадки печени развилась картина ХГ Е, в сыворотке крови обнаружена РНК ВГЕ 3 генотипа.
Полученные данные свидетельствуют, что ВГЕ-инфекция у иммунноослабленных лиц может быть хронической и приводить к развитию цирроза печени. Установлено, что на патогенез ВГЕ-инфекции могут влиять генотип, субтип вируса, вирусная нагрузка, а также коинфицирование другими вирусными инфекциями, вызывающими гепатит [28,142,163,175,179]. Свидетельства различий в вирулентности генотипов ВГЕ для человека немногочисленны. При изучении тяжелых случаев течения ВГЕ-инфекции К. Takahashi с соавт. [182] изучили нуклеотидные последовательности РНК ВГЕ, полученные от 8 пациентов в Японии, инфицированных ВГЕ 3 генотипа. Сравнение полных нуклеотидных последовательностей РНК ВГЕ, полученных от пациентов, и РНК ВГЕ, полученных от свиней, циркулирующих на территории Японии, выявило уникальную последовательность ЛО. Авторами было высказано предположение, что повышенная вирулентность ВГЕ связана с наличием аминокислотной замены, которая располагается в области домена хеликазы (V239A).
При изучении изолята ВГЕ 4 генотипа, полученного в Индии, и сравнении его с изолятами, полученными в Китае, Японии и Тайване, было показано, что в результате 26 аминокислотных замен - в ОРС 1 (16 замен), ОРС 2 (8 замен) и ОРС 3 (2 замены) - ВГЕ терял инфекционность для человека [45]. Полученные результаты свидетельствуют о существовании в рамках одного генотипа вариантов ВГЕ, различающихся по степени вирулентности для человека. S.K. Pujhari с соавт. [160] при изучении 16 образцов сыворотки крови у больных, проживающих в Северной Индии, было показано, что генотип 1 субтип 1С чаще приводил к развитию фульминантного гепатита, чем генотип 1 субтип 1А. В настоящее время установлено, что генотипы 1 и 2 являются более патогенными для человека, чем генотипы 3 и 4 [152]. Тем не менее, причины, связанные с различиями в тяжести течения ВГЕ-инфекции в разных регионах мира, пока остаются не известными.
Частота обнаружения анти-ВГЕ в неэндемичных регионах среди различных групп населения
Во всех четырёх случаях ВГЕ - инфекция возникла после употребления в пищу сырого или недостаточно термически обработанного мяса или печени свиней.
Описания случаев заражения ГЕ, при которых четко доказана связь с употреблением печени или мяса инфицированного ВГЕ животного, в других странах до последнего времени отсутствовали. Отдельные сообщения, в которых приводятся примеры такого заражения, построены лишь на фактах выявления сходных последовательностей РНК ВГЕ от конкретного больного ГЕ и изолятов ВГЕ свиней, обитающих на территории данной страны [26].
Однако в 2010 г. P. Colson- с соавт. [51] описали случай групповой заболеваемости ГЕ во Франции в. результате употребления в пищу национального деликатеса - колбасы из свиной печени. У 7 из 13 лиц, употреблявших сырую колбасу при совместной трапезе, были выявлены маркеры текущей или перенесенной ВГЕ-инфекции (анти-ВГЕ, РНК ВГЕ), тогда как у 5 участников трапезы, не употреблявших колбасу, маркеры ГЕ выявлены не были. Вирусная РНК была выделена от заболевших и из образцов колбасы; между последовательностями РНК ВГЕ была доказана статистически значимая филогенетическая связь. Кроме того, РНК ВГЕ 3 генотипа была выявлена в 7 из 12 обследованных образцов колбасы, приобретенных в супермаркете. С. Renou с соавт. [165] был описан случай острого ГЕ у владельца домашней мини-свиньи. Сравнение нуклеотидных последовательностей РНК ВГЕ у человека и мини-свиньи показало, что степень гомологии между ними составляет 94%, что не позволяет с уверенностью делать вывод о передаче вируса от животного человеку в данном случае.
В настоящее время отсутствует четкое понимание механизма реализации пищевого пути передачи ВГЕ от инфицированного животного к человеку. В опытах по экспериментальному инфицированию различных животных продемонстрирована необходимость значительной дозы вируса для реализации пищевого пути передачи инфекции. Печень животного как основной орган репликации ВГЕ обеспечивает попадание значительного количества вируса в восприимчивый организм человека. Вероятно, в кишечнике концентрацию вируса, необходимую для заражения, обеспечивает внепеченочная репликация ВГЕ (в клетках слизистой оболочки тонкой и толстой кишки) [205].
Исследования, проведённые P.G. Halbur с соавт. [88], показали, что термическая обработка мяса, а также его замораживание не приводят к снижению способности ВГЕ вызывать инфекцию у свиней. Регистрируемые случаи ГЕ, возникшие после употребления сырого или плохо прожаренного мяса, полностью подтверждают эти данные.
Хотя риск зоонозной ВГЕ-инфекции в настоящее время установлен, не во всех случаях автохтонной ВГЕ-инфекции удается проследить связь с употреблением в пищу мяса свиньи или оленя, или контактом с животными, их мясом или отходами их жизнедеятельности. Выявлена и подтверждена передача ВГЕ-инфекции человеку только от 2 видов животных - от оленя и свиньи (дикой и домашней). Остаётся не решённым вопрос о других возможных путях передачи вируса, особенно в странах неэндемичных по ВГЕ-инфекции, где число регистрируемых случаев автохтонного ГЕ неуклонно растет. Накопление данных о распространённости ВГЕ среди свиней и существование доказанных случаев передачи вируса от свиней к человеку позволяет расценивать свиней как значимый источник инфицирования ВГЕ-инфекцией. Однако остается ряд вопросов, требующих дальнейшего изучения. Так, в настоящее время неизвестно, как вирус сохраняется в популяции свиней; почему в эндемичных по ГЕ регионах человек не заражается от животных; почему, несмотря на один серотип ВГЕ и восприимчивость человека ко всем 4 генотипам ВГЕ, свиньи не заражаются ВГЕ 1 и 2 генотипов? Так же до начала наших исследований не было известно, насколько распространен ВГЕ среди поголовья свиней на территории России, в каком возрасте преимущественно протекает ВГЕ-инфекция у свиней в российских свиноводческих хозяйствах и какие генотипы/субтипы ВГЕ циркулируют среди свиней в России. Заключение по обзору литературы
В настоящее время территория РФ относится к региону, ранее не неэндемичному по ГЕ. ГЕ не входит в перечень болезней, подлежащих обязательной регистрации, учёту и статистическому, наблюдению в РФ. Показано относительно частое выявление анти-ВГЕ среди "условно здоровых" лиц, проживающих в неэндемичных по ВГЕ регионах РФ и- не имеющих в эпиданамнезе посещений эндемичных по ГЕ стран или контакт с лицами, прибывшими из таких стран. На территории РФ зарегистрированы случаи групповой заболеваемости ГЕ. Отмечены случаи среднетяжёлой и тяжёлой формы течения ВГЕ-инфекции, особенно у лиц пожилого возраста. Изучение ВГЕ в странах, неэндемичных по ГЕ, позволило выделить от свиней изоляты вируса, сходные с изолятами ВГЕ, полученными от человека на этих же территориях, относящиеся к 3 или 4 генотипам.
Выявлены случаи заражения людей ГЕ при употреблении в пищу мяса свиней, инфицированных ВГЕ. Данные результаты рассматриваются как доказательства значимости ВГЕ свиней в распространении ГЕ среди людей на неэндемичных территориях. Отсутствие информации о циркуляции ВГЕ в России и его генотипическом разнообразии определяют актуальность изучения данной инфекции среди свиней на территории РФ.
Амплификация фрагментов ДНК в ПНР
С трёх свиноферм в Свердловской области было получено и проанализировано 30 изолятов ВГЕ. Для филогенетического анализа и построения филогенетического дерева было использовано 26 изолятов ВГЕ. Степень различия нуклеотидной последовательности между изолятами варьировала от 0% до 22%. Анализ нуклеотидных последовательностей в области ОРС 2 РНК ВГЕ показал, что на территории Свердловской области все выявленные изоляты ВГЕ принадлежат 3 генотипу. Изоляты, циркулирующие на свиноферме №1, имели сходство в нуклеотидной последовательности между собой в 84%-99% (см. приложение 3). Изоляты, циркулирующие на свиноферме №2 имели сходство 78%-97%, на свиноферме №3 - 85%-99%. Изоляты со свинофермы №1 имели сходство с изолятами с фермы №2 и №3 в 79%-99% и 84%-100% соответственно. Сходство между изолятами со свинофермы №2 и №3 составило 81%-99%. Наибольший процент различий в нуклеотидной последовательности был выявлен для изолята 4131ekat.l на свиноферме №1, для изолята 4192ekat.2 - на свиноферме №2 и для изолята 4313ekat.3 со свинофермы №3. При сравнении с референсными последовательностями различных субтипов 3 генотипа из GenBank были использованы полученные с трёх свиноферм изоляты ВГЕ, отличающиеся друг от друга не менее чем на 1% (табл. 22). Для свинофермы №1 это были изоляты 4173ekat.l, 4131ekat.l, 4191ekat.l, 4172ekat.l, 4156ekat.l, 4178ekat.l. Изолят 4173ekat.l имел отличия от референсных последовательностей в 15%-23%, 4131 ekat. 1 - 12%-23%, 4191ekat.l - 16%-24%, 4172ekat.l - 14%-24%, 4156ekat.l - 15%-22%, 4178ekat.l - 14%-21%.
Со свинофермы №2 для филогенетического анализа были отобраны изоляты 4196ekat.2, 4192ekat.2, 4198ekat.2, 4199ekat.2, 4194ekat.2. Изолят 4196ekat.2 имел отличия от референсных последовательностей в 14%-22%, 4192ekat.2 — 21%-28%, 4198ekat.2 - 15%-22%, 4199ekat.2 - 18%-24%, 4194ekat.2 - 15%-22%. Со свинофермы №3 для филогенетического анализа были отобраны изоляты 4357ekat.3, 4352ekat.3, 4313ekat.3. Изолят 4357ekat.3 имел отличия от референсных последовательностей в 17%-25%, 4352ekat.3 - 15%-22%, 4313ekat.3 — 13%-22%. Данные варианты ВГЕ были депонированы в базе данных GenBank под номерами HQ399131, HQ399155, HQ399135, HQ399139, HQ399147, HQ399141, HQ399130, HQ399133, HQ399136, HQ399137, HQ399153, HQ399132, HQ399145, HQ399146. На территории Свердловской области на каждой из трёх свиноферм были выявлены варианты ВГЕ, различающиеся от известных субтипов ВГЕ более чем на 12%-13% и были наиболее близки к субтипам 3g, Зе, 3 Определить субтип изолятов ВГЕ с трёх свиноферм при сравнении с известными последовательностями ВГЕ, депонированными в GenBank, по предложенным L. Lu с соавт. [125] критериям разделения ВГЕ на генотипы, субтипы и изоляты, не удалось. На филогенетическом дереве (рис. 13) изоляты с фермы №1, №2 и №3 из Свердловской области формировали 2 кластера с показателем достоверности филогенетического группирования в 97% и 100% и не группировались с референсными последовательностями из GenBank, указывая на связь полученных вариантов ВГЕ с их географическим происхождением. Изоляты 4131ekat.l, 4192ekat.2 и 4313ekat.3 были наиболее близки к субтипу Зе.
На каждой из трёх обследованных свинофермах ВГЕ представлен несколькими вариантами вируса, образуя собственные подгруппы на филогенетическом дереве, что указывает на генетическое разнообразие ВГЕ на территории Свердловской области. Сходные варианты вируса были выявлены на разных свинофермах (например, изоляты 4156ekat.l со свинофермы №1 и 4201ekat.2 со свинофермы №2, или изоляты 4179ekat.l со свинофермы №1 и 4379ekat.3 со свинофермы №3, что может быть результатом практикуемого в регионе обмена животными между фермами как внутри региона, так и между регионами. Таблица 22. Сравнение изолятов ВГБ, полученных в Свердловской области, с референсными изолятами из GenBank на основании расчёта эволюционных расстояний (в процентах) между последовательностями (р-distance)
Жирным шрифтом обозначены выделенные от свиней в Свердловской области изоляты ВГЕ. Прототипные изоляты ВГЕ из GenBank приведены с указанием их номеров в базе данных. Анализ частичной нуклеотидной последовательности проводился в ОРС 2 РНК ВГЕ (300 нт, 5996-6295 нумерация по прототипному изоляту Burme - М73218). Филогенетическое дерево построено по алгоритму Neighbour-joining без коррекции (uncorrected distance) при помощи программы MEGA 4.1. Числа в узлах дерева - процент bootstrap-псевдорешш-катов, поддерживаемых данную группу (приведены только достоверные значения 70%). Длина ветвей отражает степень отличия нуклеотидной последовательности вирусов в соответствии с приведённой шкалой.
С трёх свиноферм в Саратовской области было выделено и проанализировано 80 изолятов ВГЕ. Для филогенетического анализа и построения филогенетического дерева было использовано 30 изолятов ВГЕ. Анализ нуклеотидных последовательностей в области ОРС 2 РНК ВГЕ показал, что все выявленные на территории Саратовской области изоляты ВГЕ принадлежат 3 генотипу. Степень различия в нуклеотидной последовательности между изолятами варьировала от 0% до 20%. Изоляты, циркулирующие на свиноферме № 1, имели сходство в нуклеотидной последовательности между собой в 82%-100% (см. приложение 4). Изоляты, циркулирующие на свиноферме №2 имели сходство в 80%-100%, на свиноферме №3 - 88%-100%. Изоляты со свинофермы №1 имели сходство с изолятами с фермы №2 и №3 в 82%-97% и 80%-98%. Сходство между изолятами со свинофермы №2 и №3 составило 81%-100%.
При сравнении с референсными последовательностями различных субтипов 3 генотипа, депонированными в GenBank, были использованы полученные с трёх свиноферм изоляты ВГЕ, отличающиеся друг от друга не менее чем на 1% (табл. 23). Для свинофермы №1 это был изолят 4410sar.l, для свинофермы №2 -4502sar.2, 4539sar.2, 4579sar.2, 4586sar.2, для свинофермы №3 - 4591sar.3, 4677sar.3, 4610sar.3, 4631sar.3. Изолят 4410sar.l отличался от референсных последовательностей на 14,7%-21,7%, 4502sar.2 - на 12,7%-18,3%, 4539sar.2 -12,3%-18,7%, 4579sar.2 - 12,7%-19,3%, 4586sar.2 -12,7%-19,7%, 4591sar.3 -14%-20,3%, 4677sar.3 - 13,7%-20,3%, 4610sar.3 - 12,7%-19,7%, 4631sar.3 -12,3%-19,3%. Данные варианты ВГЕ были депонированы в базе данных GenBank под номерами HQ399157, HQ399156, HQ399160, HQ399163, HQ399165, HQ399181, HQ399179, HQ399177, HQ399169.
На территории Саратовской области на каждой из трёх свиноферм были выявлены варианты ВГЕ, различающиеся от известных субтипов ВГЕ более чем на 12%-13% и были наиболее близки к субтипам ЗЬ, Зс, Зі. Определить субтип изолятов ВГЕ с трёх свиноферм при сравнении с известными последовательностями ВГЕ, депонированными в GenBank, по предложенным L. Lu с соавт. [125] критериям разделения ВГЕ на генотипы, субтипы и изоляты, не удалось. На филогенетическом дереве (рис. 14) изоляты из Саратовской области формировали 3 кластера с показателем достоверности филогенетического группирования в 100% и не группировались с референсными последовательностями из GenBank.
На каждой из трёх обследованных свинофермах ВГЕ представлен несколькими вариантами вируса, образуя собственные подгруппы на филогенетическом дереве, что указывает на генетическое разнообразие ВГЕ на данной территории. Изоляты из Саратовской области формируют несколько единых групп, отличных от известных субтипов ВГЕ.
Частота выявления ВГЕ-инфекции среди поголовья свиней в Российской Федерации
Необходимо отметить, что до настоящего времени работы по изучению молекулярной эпидемиологии ВГЕ в РФ отсутствовали. Поэтому третьим этапом работы было проведение анализа частичной нуклеотидной последовательности 46 (18,5%) изолятов ВГЕ, выделенных с 14 свиноферм в 6 регионах РФ от свиней в возрасте 2-4 месяца. Для анализа использовалась нуклеотидная последовательность 5 -участка области ОРС 2 генома ВГЕ (300 нт, 5996-6295 нумерация по прототипному изоляту Вштпе - М73218) для которой в GenBank имеется наибольшее количество референсных последовательностей, выделенных в разных регионах мира. Для анализа были отобраны выделенные нами варианты ВГЕ, различающиеся между собой не менее чем на 1%. Для сравнения были использованы соответствующие фрагменты нуклеотидной последовательности 35 референсных последовательностей ВГЕ из GenBank.
Все выявленные нами изоляты ВГЕ относились к 3 генотипу. Расчёт эволюционных расстояний между последовательностями без учета множественных замен с помощью метода uncorrected distance (p-distance) при сравнении с референсными последовательностями из GenBank показал, что в каждом регионе циркулируют изоляты ВГЕ, имеющих различия по 5 -участку ОРС 2 ВГЕ, характерные для самостоятельного субтипа ВГЕ в рамках 3 генотипа (приложение 1-6), согласно предложенным L. Lu с соавт. [125] критериям разделения ВГЕ на генотипы, субтипы и изоляты.
Выделенные из каждого региона изоляты ВГЕ, как правило, образовывали на филогенетическом дереве самостоятельные кластеры с показателями достоверности филогенетического группирования 100% и не группировались с референсными последовательностями из GenBank, что свидетельствует о циркуляции самостоятельных вариантов ВГЕ 3 генотипа в каждом регионе.
В Архангельской, Владимирской, Саратовской, Свердловской области и Хабаровском крае была продемонстрирована циркуляция нескольких вариантов ВГЕ на одной свиноферме. Существование нескольких вариантов вируса на одной ферме может быть связано с практикой обмена животными между различными фермами внутри региона, а также между регионами. Наличие такой практики в обследованных регионах было подтверждено ветеринарными врачами свиноферм, на которых проводился сбор образцов фекалий.
Сравнение частичных нуклеотидных последовательностей ОРС 2 ВГЕ для изолятов, выделенных в 6 регионах РФ, показало, что степень их сходства друг с другом варьирует от 72 до 98% (приложение 7). Анализ филогенетических взаимоотношений изолятов ВГЕ, выделенных от свиней в Архангельской, Владимирской, Калининградской, Саратовской, Свердловской областях и Хабаровском крае, показал, что изоляты из разных регионов РФ не более сходны друг с другом, чем в среднем с референсными последовательностями из GenBank, выделенными в разных регионах мира.
Филогенетическое группирование, подтвержденное высокими показателями достоверности, показало существование специфичных для каждого обследованного региона вариантов ВГЕ и их уникальность при сравнении с референсными последовательностями из GenBank. Определить субтип полученных изолятов методом их сравнения с референсными последовательностями ВГЕ во всех случаях не удалось. Это позволяет предполагать существование новых субтипов ВГЕ в каждом из обследованных регионов РФ, и свидетельствует о широком субтипическом разнообразии ВГЕ на территории РФ.
Изучение молекулярной эпидемиологии ВГЕ в разных регионах мира показало, что различные субтипы ВГЕ 3 генотипа мало отличаются по своим биологическим и эпидемиологическим свойствам, и их разделение носит условный характер, не имеющий под собой биологической основы. Однако группирование изолятов 3 генотипа ВГЕ на субтипы может быть удобным при расследовании заболеваемости ВГЕ на неэндемичной территории с точки зрения выявления потенциального источника инфицирования. Полученные данные о циркуляции ВГЕ на свинофермах в 6 регионах РФ, представляющие пять Федеральных округов, отдалённых друг от друга на расстояние не менее 1000 км, указывают на широкое распространение ВГЕ-инфекции на территории РФ.
Согласно определению ВОЗ, болезни, возбудители которых естественно передаются от позвоночных животных к человеку, называют зоонозами [13]. В настоящее время известно более 250 таких инфекций, большинство из которых относится к группе природно-очаговых заболеваний [5]. В настоящее время накоплено немало сведений, позволяющих отнести ГЕ к зоонозной инфекции. Однако работы, посвященные изучению эпизоотических процессов ВГЕ-инфекции среди диких и домашних свиней, отсутствуют.
Постоянную приуроченность болезней диких или домашних животных к определённой местности, обусловленной природными факторами, называют энзоотией. Среди млекопитающих на втором месте, после грызунов, по значению в носительстве болезней, опасных для человека, стоит отряд парнокопытных, к которому относятся дикие и домашние свиньи [5]. Для болезней парнокопытных характерно массивное обсеменение возбудителем внешней среды и многообразие путей его передачи, среди которых алиментарный путь часто играет главенствующую роль. Большое значение парнокопытных в инфекционной патологии человека в первую очередь объясняется громадным объёмом постоянством и давностью контакта с людьми. Приведённые данные позволяют сделать вывод о том, что РФ является энзоотичной по ВГЕ территорией, где свиньи являются резервуаром ВГЕ-инфекции.
