Электронная библиотека диссертаций и авторефератов России
dslib.net
Библиотека диссертаций
Навигация
Каталог диссертаций России
Англоязычные диссертации
Диссертации бесплатно
Предстоящие защиты
Рецензии на автореферат
Отчисления авторам
Мой кабинет
Заказы: забрать, оплатить
Мой личный счет
Мой профиль
Мой авторский профиль
Подписки на рассылки



расширенный поиск

Применение метода RNA-Seq для поиска потенциальных биомаркеров рака предстательной железы. Никитина Анастасия Сергеевна

Диссертация - 480 руб., доставка 10 минут, круглосуточно, без выходных и праздников

Автореферат - бесплатно, доставка 10 минут, круглосуточно, без выходных и праздников

Никитина Анастасия Сергеевна. Применение метода RNA-Seq для поиска потенциальных биомаркеров рака предстательной железы.: диссертация ... кандидата Биологических наук: 03.01.03 / Никитина Анастасия Сергеевна;[Место защиты: ФГБУН Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук], 2019.- 144 с.

Содержание к диссертации

Введение

1. Обзор литературы. 9

1.1 Общая характеристика рака предстательной железы 9

1.1.1 Эпидемиология рака предстательной железы 9

1.1.2 Этиология рака предстательной железы и факторы риска. 9

1.1.3 Заболевания простаты и патофизиология рака предстательной железы. 10

1.1.4. Диагностика рака предстательной железы на сегодняшний день. 12

1.1.5. Классификация РПЖ по шкале Глисона и системе TNM 14

1.1.6. Локализованные опухоли и агрессивный РПЖ: прогноз и лечение . 17

1.2 Использование простатспецифического антигена в качестве биомаркера рака предстательной железы: проблемы и направления исследований. 20

1.2.1 Виды биомаркеров, наиболее востребованных в контексте РПЖ. 20

1.2.2 Проблемы использования простатспецифического антигена в качестве биомаркера рака предстательной железы. 22

1.2.2.1 Нижняя граница нормы и чувствительность ПСА как биомаркера. 22

1.2.2.2 Специфичность ПСА как биомаркера. 22

1.2.2.3 Скрининг РПЖ с помощью ПСА и проблема «ненужных» биопсий 25

1.2.3. Модификации анализа на ПСА 26

1.2.3.1 Плотность ПСА. 26

1.2.3.2 Скорость нарастания уровня ПСА. 27

1.2.3.3 Свободный ПСА. 28

1.2.3.4 Изоформы ПСА. 29

1.2.3.5 Индекс здоровья простаты. 30

1.2.3.6 Калликреиновая панель 4KScore. 32

1.3. Потенциальные РНК-биомаркеры рака предстательной железы 34

1.3.1 РНК биомаркеры для неинвазивной диагностики, детектируемые в моче пациентов с РПЖ. 36

1.3.1.1 PCA3 36

1.3.1.2 TMPRSS2-ERG. 37

1.3.1.3 Mi-Prostate score 38

1.3.1.4 ExoDx Prostate Intelliscore. 39

1.3.1.5 SelectMDx. 40

1.3.2 Тканевые РНК маркеры и прогностические экспрессионные панели. 41

1.3.2.1 Oncotype Dx. 42

1.3.2.2 Prolaris. 43

1.3.2.3 Decipher. 44

1.3.3 Некодирующий транскриптом как перспективная область поиска биомаркеров РПЖ. 46

1.3.3.1 Длинные некодирующие РНК 46

1.3.3.2 МикроРНК . 49

1.3.3.3 Другие малые некодирующие РНК. 52

2. Материалы и методы. 54

2.1 Материалы 54

2.1.1 Образцы тканей предстательной железы. 54

2.1.2 Образцы мочи и плазмы крови. 55

2.1.3. Данные проекта TCGA 56

2.2. Методы. 56

2.2.1 Выделение РНК. 56

2.2.2 Удаление примесей ДНК. 56

2.2.3 Оценка количества и качества РНК 56

2.2.4 Деплетирование рРНК. 56

2.2.5 Фрагментация РНК 57

2.2.6 Фосфорилирование 5 -концов РНК. 57

2.2.7 Чистка РНК 57

2.2.8 Чистка кДНК. 57

2.2.9 Нормализация кДНК с помощью дуплекс-специфичной нуклеазы 58

2.2.10 Приготовление транскриптомных библиотек для высокопроизводительного секвенирования. 58

2.2.11 Приготовление библиотек фрагментов кДНК. 59

2.2.12 Высокопроизводительное секвенирование РНК-библиотек. 59

2.2.13 Первичный анализ транскрипционного состава полученных при секвенировании профилей экспрессии. 59

2.2.14 Сравнение экспрессионных профилей методом многомерного шкалирования 60

2.2.15 Анализ дифференциальной экспрессии генов. 61

2.2.16 Анализ данных проекта TCGA. 62

2.2.17 Поиск обогащенных сайтов связывания ТФ и микроРНК. 62

2.2.18 Постановка ОТ-ПЦР в реальном времени 63

2.2.19 Анализ результатов ОТ-ПЦР в реальном времени. 64

3. Результаты и обсуждение. 65

3.1 Поиск потенциальных биомаркеров РПЖ в ткани предстательной железы. 66

3.1.1 Адаптация метода приготовления библиотек на основе РНК из FFPE блоков. 67

3.1.1.1 Выделение РНК. 68

3.1.1.2 Удаление ДНК. 69

3.1.1.3 Фрагментация РНК 69

3.1.1.4 Чистка образца РНК. 74

3.1.1.5 Деплетирование рибосомальной РНК. 75

3.1.1.6 Лигирование адаптеров и построение кДНК 77

3.1.1.7 Амплификация кДНК. 78

3.1.1.8 Итоговая версия протокола. 78

3.1.2. Секвенирование транскриптомных библиотек на основе РНК из FFPE-блоков и первичный анализ данных. 79

3.1.2.1 Анализ состава и глубины полученных транскрипционных профилей. 80

3.1.2.2 Кластеризация образцов и формирование конечной выборки . 81

3.1.3 Поиск тканевых РНК-биомаркеров РПЖ 84

3.1.3.1 Анализ дифференциальной экспрессии генов 85

3.1.3.2 Сравнение полученных результатов с данными проекта TCGA. 86

3.1.3.3 Валидация результатов, полученных методом RNA-Seq, с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени. 88

3.1.3.4 Поиск новых регуляторных элементов, подавляющих экспрессию генов в опухолевой ткани простаты при РПЖ. 90

3.2. Скрининг кандидатных биомаркеров РПЖ в моче и плазме пациентов с РПЖ и ДГПЖ. 92

3.2.1. Адаптация метода приготовления кДНК-библиотек на основе РНК из мочи и плазмы крови 94

3.2.2. Адаптация метода приготовления транскриптомных библиотек на основе РНК из мочи и плазмы крови. 99

3.2.3. Анализ данных секвенирования полученных библиотек и поиск потенциальных биомаркеров РПЖ 101

3.2.4 Нормализация транскриптомных библиотек на основе РНК из мочи плазмы крови 103

3.2.5. Анализ данных секвенирования нормализованных транскриптомных библиотек и обнаружение потенциальных биомаркеров РПЖ 104

Заключение. 107

Выводы. 108

Благодарности. 109

Список литературы 110

Приложение А. 140

Приложение Б 141

Приложение В 143

Локализованные опухоли и агрессивный РПЖ: прогноз и лечение

После постановки диагноза РПЖ и определения стадии заболевания необходимо спрогнозировать его дальнейшее течение и выбрать подходящий метод лечения. В зависимости от степени распространенности РПЖ варианты терапии могут быть разными. Как и в случае других злокачественных новообразований, стадия рака влияет на продолжительность жизни, но уникальной для РПЖ является существенная разница в показателях выживаемости при локализованной опухоли и при агрессивной форме болезни [44].

Когда опухоль ограничена предстательной железой, долгосрочный прогноз благоприятный. Во-первых, опухоль простаты может расти настолько медленно, что заболевание никак не проявляется клинически. В этом случае говорят о клинически не значимом РПЖ [45]. Исследования образцов тканей предстательной железы, полученных при аутопсии мужчин в возрасте 30–40 лет примерно в 20% случаев показали наличие микроскопических очагов латентного рака [46,47]. Многие мужчины могут так никогда и не узнать, что у них рак предстательной железы. Аналогичные исследования аутопсийного биоматериала китайских, немецких, израильских, ямайских, шведских и угандийских мужчин, выявили РПЖ у 30% мужчин в возрасте пятидесяти лет, и у 80% мужчин в возрасте семидесяти лет, умерших от других причин [48]. Часто у пожилых пациентов выявляют локализованные опухоли простаты, которых растут очень медленно [49]. В подобных случаях назначение дорогостоящего травматичного лечения не принесет пациенту пользы, не повлияет на продолжительность жизни и может даже понизить ее качество в связи с побочными эффектами терапии [50]. Поэтому для мужчин с низкорисковым локализованным раком простаты все чаще рекомендуется активное наблюдение – тактика, при которой врач следит за ходом болезни с течением времени и вмешивается, если заболевание начинает прогрессировать. В данную группу попадают случаи, определяемые параметрами: стадия заболевания – не более Т2а, балл по шкале Глисона – не более 3+3=6, уровень ПСА – не более 10 нг/мл [51].

Если все же принимается решение о назначении терапии, то при локальных формах (1-я или 2-я стадия, без метастазов) рака предстательной железы в основном применяются такие виды лечения, как радикальная простатэктомия (хирургическое удаление предстательной железы вместе с семенными пузырьками) и дистанционная лучевая терапия (облучение предстательной железы и находящихся рядом лимфатических узлов ионизирующим излучением). Текущие рекомендации Американской Урологической Ассоциации (Americal Urological Association, AUA) по терапии локализованного РПЖ включают в себя активное наблюдение, лучевую терапию и радикальную простатэктомию, не отдавая предпочтение ни одному из методов [52].

Пациенты с местно-распространенным раком обычно не излечимы, но уровень 5-летней выживаемости по-прежнему достаточно высок и составляет 95-100% [53]. В этих случаях адъювантная лучевая терапия может обеспечить лучшую выживаемость. Хирургическое вмешательство также может быть предложено, когда рак не реагирует на лучевую терапию. Однако, поскольку лучевая терапия вызывает изменения тканей, простатэктомия после облучения имеет более высокий риск осложнений [54]. Если рак предстательной железы распространился на отдаленные органы, существующие терапевтические подходы не способны его вылечить. Средняя выживаемость об ычно составляет от 1 до 3 лет, и большинство из таких пациентов умирают от рака предстательной железы [55]. Для увеличения продолжительности жизни назначают горномальную или химиотерапию, в некотрых случаях также применяется лучевая терапия. При гормональной терапии (андроген-депривационная терапия, androgen deprivation therapy) применяется либо хирургическая операция по удалению яичек (орхиэктомия) для снижения секреции гормона дигидротестостерона, требуемого для пролиферации клеток предстательной железы, либо блокирование его действия с помощью антагонистов [56]. К сожалению, подавляющее большинство пациентов с метастатическим раком предстательной железы имеют признаки прогрессирования заболевания при гормональной терапии (средняя продолжительность ответа на гормональную терапию - 24-36 месяцев). В этом случае говорят о кастрационно-резистентном раке предстательной железы (КРРПЖ) или гормон-рефракторном РПЖ, потому что, хотя это заболевание больше не реагирует на лечение кастрацией, раковые клетки по-прежнему демонстрируют зависимость от гормонов для активации рецепторов андрогенов [57]. Для лечения этих форм рака предстательной железы используется химиотерапия препаратами: доцетаксел, кабазитаксел, бевацизумаб, преднизон и талидомид, в среднем продлевающая жизнь на 2-3 месяца. [58,59]. В последнее время также применяется раковая вакцина на основе дендритных клеток Sipuleucel (Provenge)), одобренная FDA (Food and Drug Administration, управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов) в апреле 2010 года и показавшая среднее улучшение показателя выживаемости на 4 месяца [60].

Таким образом, при локализованных опухолях простаты пациент может прожить несколько десятилетий и умереть от других причин, тогда как лучшие методики лечения распростарненного рака предстательной железы из введенных в клиническую практику на сегодняшний день способны продлить жизнь лишь на несколько месяцев. При этом основными факторами снижения смертности от РПЖ являются ранняя диагностика агрессивных форм и улучшение терапевтических подходов к лечению распространенной болезни [61].

МикроРНК

В последние годы с помощью клинических и фундаментальных исследований было неоднократно продемонстрировано, что многие микроРНК по-разному экспрессируются в опухолевых и неперерожденных клетках при злокачественных заболеваниях [217]. МикроРНК могут влиять на особенности развития рака путем стимулирования или, наоборот, подавления развития и прогрессии опухоли [218]. В этих случаях микроРНК функционируют в качестве онкогенов или опухолевых супрессоров, соответственно. Кроме того, микроРНК были детектированы в качестве циркулирущих молекул во многих биологических жидкостях, включая мочу, кровь, слюну и т.д. Текущие исследования показывают, что микроРНК могут выступать в качестве медиаторов межклеточной коммуникации посредством экзосомального транспорта, фактически имитируя эндокринный путь регуляции [219]. Опираясь на эти особенности, микроРНК признаны многообещающими потенциальными биомаркерами, в том числе и для рака предстательной железы. Кроме того, они имеют большое преимущество, связанное с их высокой химической стабильностью как в образцах биологических жидкостей, так и в тканях, в том числе фиксированных в формалине, что еще повышает их потенциал как диагностических или прогностических маркеров [220].

Различные микроРНК были исследованы в качестве биомаркеров рака предстательной железы для его диагностики, прогнозирования развития и мониторинга ответа на терапию [221–224]. Однако, в разных опубликованных работах некоторые данные по экспрессии микроРНК при РПЖ противоречат друг другу. Это объясняется такими различиями в схемах исследования микроРНК, как использование разных профилирующих платформ и методов детекции микроРНК, а также часто ограниченными размерами выборки. Тем не менее, на сегодняшний день накоплено достаточно информации для формирования консенсусного списка микроРНК, изменение экспрессии которых при РПЖ подтверждено несколькими независимыми исследованиями. Наиболее изученные из них приведены в таблице 4.

При развитии злокачественного заболевания различные микроРНК могут выступать в роли онкогенов, стимулирующих рост опухоли, или, наоборот, опухолевых супрессоров. В качестве потенциальных биомаркеров РПЖ чаще рассматривают именно онкогенные микроРНК, экспрессия которых существенно повышена в опухолевых клетках по сравнениию с неперерожденной прилегающей тканью. Например, miR-21 является одной из наиболее распространенных онкогенных микроРНК, гиперэкспрессированных в опухолевой ткани при различных злокачественных заболеваниях [226]. Мишенями miR-21 являются многие мРНК, продукты которых вовлечены в процессы сосудистой пролиферации и инвазии опухолей. При РПЖ экспрессия miR-21 ассоциирована с низкой выживаемостью и имеет прогностическое значение при оценке риска биохимического рецидива у пациентов после радикальной простатэктомии [227]. Кроме того, экспрессия этой онкогенной микроРНК связана с развитием кастрационно-резистентного рака предстательной железы [228]. Также, при этой форме РПЖ была обнаружена гиперэкспрессия онкогенной микроРНК miR-32. Одной из ее мишеней является ген PIK3IP1, контролирующий ингибирование PI3K – известного регулятора пролиферации, миграции и выживаемости клеток [229]. Были обнаружены и другие микроРНК, гиперэкспрессированные при РПЖ, например, miR-125b [230], miR-18а [231] и miR-650 [232], которые также проявляют онкогенные свойства, но еще мало исследованны в качестве биомаркеров.

В отличие от онкогенных микроРНК, уровень экспрессии которых обычно значительно повышается при раке, существуют также супрессоры развития опухоли, для которых характерно снижение экспресии и, как следствие, невыполнение ими функций сдерживания прогрессии заболевания. Примерами таких микроРНК являются miR-145, контролирующая путь p53 [233], и miR-224, снижение экспресии которой ассоциировано с неблагоприятной клинической стадией опухоли и наличием метастаз [234]. Однако, проблема использования этих и других подобных супрессорных микроРНК в качестве биомаркеров заключается именно в их низкой экспресии при РПЖ. Существующие сегодня методы детекции РНК не позволяют досточно надежно определять малые количества транскриптов для использования в широкой клинической практике. По этой причине микроРНК, являющиеся опухолевыми супрессорами, в значительной степени менее изучены в качестве биомаркеров РПЖ.

Отдельно следует отметить несколько микроРНК, обнрауженных в крови или моче пациентов с РПЖ. Такие циркулирующие микроРНК имеют значительный потенциал для использования в клинической практике в качестве малоинвазивных биомаркеров. Например, у пациентов с гормонально-рефрактерным раком, резистентным к терапии с помощью доцетаксела, уровни уже упомянутой онкогенной miR-21 в крови оказались значительно выше, чем у мужчин с кастрационно-резистентным раком предстательной железы, чувствительным к этому лечению [235]. В 2011 году было показано, что уровни miR-21 и miR-221 повышены в плазме крови пациентов с локализованным РПЖ по сравнению со здоровыми мужчинами [236]. Прогностическая ценность другой пары: miR-141 and miR-375 была подтверждена в нескольких исследованиях [237–240]. Эти микроРНК оказались надежными маркерами системной болезни, так как позволяли различать локализованную опухоль простаты и распространенное заболевание с метастазами. Уровни miR-141 and miR-375 в сыворотке крови, измеренные у мужчин до проведения радикальной простатэктомии, были коррелировали с патологической стадией опухоли и баллом Глисона, что подчеркивает потенциал циркулирующих микроРНК для малоинвазивной диагностики РПЖ.

Поиск микроРНК в моче пациентов с РПЖ также оказался перспективным направлением исследований. Первые опубликованные в этой области результаты показали, что уровни miR-107 и miR-574-3p в моче коррелировали со своими уровнями в плазме и имели значительный диагностический потенциал [237]. Впоследствии и другие исследования были также сосредоточены на изучении микроРНК, детектируемых в моче пациентов с раком простаты. Например, было показано, что уровни miR-34a и miR-148 были значительно снижены в образцах, полученных от пациентов с РПЖ по сравнению с ДГПЖ [241]. Причем этот эффект наблюдался как в ткани предстательной железы, так и в моче соответствующих пациентов. В результате другого исследования было идентифицировало шесть микроРНК (miR-234, -1238, -1913, -486-5p, -1825 и -484) с повышенной экспрессией в моче пациентов с РПЖ. Этот набор микроРНК позволял различать злокачественные опухоли и доброкачественную гиперплазию предстательной железы [242]. Несмотря на то, что область скрининга микроРНК в моче пацеинтов с РПЖ только начинает развииваться, привденные результаты уже демонстрируют потенциал такого подхода для поиска биомаркеров РПЖ. Следует отметить, что описанные работы показывают перспективность детекции микроРНК в моче для дифференциальной диагностики РПЖ и ДГПЖ, что является одним из основных критериев эффективности при поиске маолинвазивных биомаркеров рака простаты.

Кластеризация образцов и формирование конечной выборки

Для выявления генов, дифференциально экспрессирующихся в ткани предстательной железы при развитии рака простаты, необходимо сформировать группы сравнения, включающие в себя образцы с конкретными характеристиками, отражающими особенности исходного биоматериала. При этом важно исключить выбросы – образцы, по каким-то причинам отличающиеся от группы сравнения. С этой целью на основе полученных экспрессионных профилей была проведена оценка однородности выборки, а именно кластеризация образцов с помощью метода многомерного шкалирования (multidimentional scaling, MDS) (рисунок 10)

Видно, что такая кластеризация успешно разделяет опухолевую и нормальную выборки, и при этом есть несколько образцов, не укладывающихся в общую картину. Для выявления возможной взаимосвязи между наличием таких выбросов и особенностями исходного материала, FFPE-блоки, соответствующие данным и другим образцам, были направлены на повторный патоморфологический анализ. При этом патоморфолог заново проводил гистологическое исследование тонких парафиновых срезов, не имея информации о том, какие именно образцы оказались выбросами.

Наиболее сильно от остальных образцов по экспрессионному профилю отличается образец CN5, полученный из нормальной ткани пациента с диагнозом РПЖ. Повторный патоморфологический анализ показал, что на соответствующем FFPE-срезе высокую долю от области железистой ткани предстательной железы занимает семенной пузырек, РНК-состав ткани которого вполне закономерным образом может оказаться иным. Образцы CN5/CP5 были исключены из дальнейшего анализа.

Далее обращает на себя внимание образец опухолевой ткани CP6, кластеризующийся с группой образцов нормальной ткани. Оказалось, что в данном случае срез изначально содержал крайне мало опухолевой ткани по сравнению с гистологически не измененной прилегающей тканью, поэтому при выделении РНК из этой области, возможно, была захвачена высокая доля нормальной ткани. То же относится и к образцу CP7. Образцы CP6, CP7 и парные им были исключены из дальнейшего анализа. В случае образца CP10 повторный гистологический анализ соответствующего парафинового среза показал, что опухолевая ткань рассекается тяжом нормальной ткани значительной площади. Похожая ситуация наблюдалась и для образцов CP9/CN9, расположенных на границе опухолевой и нормальной групп на рисунке 10. Заключение патоморфолога при повторном гистологическом исследовании соответствующего FFPE-среза: «Опухоль растет инфильтративно, то есть комплексы опухолевых клеток не только образуют обособленный узел, а еще внедряются в здоровую ткань. В итоге изначально был размечен как опухоль участок не только самой опухоли, но и здоровой ткани, инфильтрированной опухолевыми комплексами. На этом стекле четко разграничить на две зоны нельзя, но можно выделить три зоны: опухоль, здоровая ткань и опухоль вперемешку со здоровой.» В обоих описанных случаях присутствие таких сложных участков привело к неправильной разметке стекол, что в свою очередь помешало получить строго опухолевые и нормальные пулы РНК. Образцы CN9/CP9 и CN10/CP10 были исключены из дальнейшего анализа.

Иная ситуация наблюдалась для образца BP3, который согласно сопутствующим документам был получен от пациента с ДГПЖ. Однако, в отличие от других «аденомных» образцов (BN1, BP1, BP2), экспрессионный профиль BP3 указывает на его сходство с раковыми образцами. Оказалось, что ошибка была допущена в процессе передачи документов пациента из больницы, а его диагноз на самом деле был РПЖ. Интересно, что на всех предыдущих этапах исследования не было возможности обнаружить данную ошибку, и именно сравнение профилей экспрессии образцов сразу показало сходство образца BP3 с опухолевой выборкой. Данный образец не был исключен из анализа, а вошел в опухолевую группу сравнения.

Таким образом, полученные транскрипционные профили отражают конкретные особенности образцов, что является необходимым условием при поиске биомаркеров, способных дифференцировать различные опухолевые фенотипы. Данные результаты подтверждают необходимость исследования сравниваемых выборок на внутреннюю однородность, так как выбросы могут искажать картину и снижать качество дальнейшего анализа. Полученные результаты также свидетельствуют о высокой эффективности метода кластеризации по степени сходства профилей экспрессии для выявления образцов, не пригодных для включения в дальнейший анализ. Следует отметить, что использование консервации тканей именно в FFPE-блоках позволило провести повторный патоморфологический анализ и выявить причины наличия конкретных выбросов. Подобное гистологическое исследование не было бы возможным в случае использования иного метода хранения, например, свежезамороженных тканей.

Анализ данных секвенирования нормализованных транскриптомных библиотек и обнаружение потенциальных биомаркеров РПЖ

Подготовленные транскриптомные библиотеки секвенировали с использованием технологии полупроводникового секвенирования. Полученные в результате риды фильтровали по качеству, после чего картировали на геном человека версии hg19. Сначала была проведена оценка эффективности нормализации кДНК. Для пар библиотек, приготовленных без и с использованием DSN, была подсчитана доля ридов, приходящихся на рибосомальные РНК (таблица 22).

Как и ожидалось, наблюдается снижение доли ридов, картированных на гены рРНК, в образцах, обработанных DSN по сравнению с необработанными образцами. Для образцов РНК с таким высоким содержанием рРНК (в среднем 94%) даже уменьшение представленности этих РНК на несколько процентов существенно увеличивает покрытие остальных транскриптов при секвенировании. Так для проанализированных образцов количество ридов, приходящихся на не рибосомальные, а значит, интересующие гены, увеличилось в среднем в 2,5 раза. Таким образом, один раунд нормализации кДНК значительно повышает относительное количество обнаруженных транскриптов других генов.

После оценки эффективности применения дуплекс-специфичной нуклеазы для удаления рРНК, соответствующие риды были исключены из последующего анализа во избежание внесения ошибки при определении уровней экспрессии остальных транскриптов. Состав транскрипционных профилей образцов по данным секвенирования отражен в таблице 23.

Для данных образцов был также проведен поиск РНК-биомаркеров, по литературным данным ассоциированных с РПЖ (ПРИЛОЖЕНИЕ В). Всего было обнаружено 57 биомаркеров (таблица 24).

Из таблицы 24 видно, что добавление стадии нормализации кДНК с помощью дуплекс-специфичной нуклеазы при приготовлении транскриптомных библиотек позволяет детектировать больше потенциальных биомаркеров РПЖ. Среди детектированных в данных образцах транскриптов были обнаружены многие известные потенциальные биомаркеры РПЖ: KLK3 (PSA), NCOR1, NCOR2, SPOP, AMACR, MALAT1, NEAT1, PCAT1, PTENP1 и т.д.

Обнаружение в исследуемых образцах плазмы крови и мочи известных РНК-биомаркеров РПЖ методом РНК-сек позволяет сделать вывод о пригодности такого подхода при поиске новых РНК-маркеров для малоинвазивной диагностики. Следует отметить, что сам факт присутствия известных РНК-маркеров РПЖ в образцах от пациентов с ДГПЖ может свидетельствовать об их недостаточной специфичности и подтверждает необходимость изысканий в этой области.