Электронная библиотека диссертаций и авторефератов России
dslib.net
Библиотека диссертаций
Навигация
Каталог диссертаций России
Англоязычные диссертации
Диссертации бесплатно
Предстоящие защиты
Рецензии на автореферат
Отчисления авторам
Мой кабинет
Заказы: забрать, оплатить
Мой личный счет
Мой профиль
Мой авторский профиль
Подписки на рассылки



расширенный поиск

Распространённость вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации Соболева Наталья Васильевна

Диссертация - 480 руб., доставка 10 минут, круглосуточно, без выходных и праздников

Автореферат - бесплатно, доставка 10 минут, круглосуточно, без выходных и праздников

Соболева Наталья Васильевна. Распространённость вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации: диссертация ... кандидата Биологических наук: 03.02.02 / Соболева Наталья Васильевна;[Место защиты: ФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»], 2020

Содержание к диссертации

Введение

Глава 1 Обзор литературы 11

1.1 Строение вириона ВГС 11

1.2 Организация генома ВГС 12

1.3 Репликация ВГС 16

1.4 Генотипическое разнообразие ВГС 17

2. Эпидемиология гепатита С 22

2.1 Распространенность ВГС-инфекции в мире 22

2.2 Заболеваемость гепатитом С и распространенность ВГС в РФ 26

2.3 Группы риска инфицирования ВГС 28

3. Диагностика гепатита С 33

3.1 Серологическая диагностика гепатита С 33

3.2 Молекулярная диагностика гепатита С 35

3.3 Стратегии и алгоритмы скрининговых программ на маркеры инфицирования ВГС и их эффективность 41

Глава 2: Материалы и методы исследования 49

2.1. Материалы исследования 49

2.2. Методы исследования 51

2.2.1 Определение серологических маркеров ВГС-инфекции 51

2.2.2 Определение молекулярных маркеров ВГС-инфекции 52

2.2.3 Анализ нуклеотидных последовательностей ВГС 54

2.2.4 Методы статического анализа результатов исследований 55

Результаты исследования 56

Глава 3. Анализ заболеваемости ОГС и ХГС в исследованных регионах 56

Глава 4. Распространенность ВГС среди условно здорового населения РФ 58

Глава 5. Особенности циркуляции ВГС в Хабаровском крае 72

Глава 6. Факторы риска инфицирования ВГС 74

Глава 7. Генетическое разнообразие ВГС в регионах Российской Федерации 76

Обсуждение полученных результатов 82

Заключение .90

Выводы .91

Список цитированной литературы 92

Приложение 1А. Нуклеотидные последовательности ВГС, использованные в работе в качестве референсных последовательностей (для CORE региона) 113

Приложение 1Б. Нуклеотидные последовательности ВГС, использованные в работе в качестве референсных последовательностей (для NS5B региона) 117

Организация генома ВГС

Геном ВГС представлен однонитевой РНК с положительную полярностью и содержит около 9400–9600 нуклеотидных остатков [159]. РНК вируса содержит одну рамку считывания, ограниченную 5 - и 3 -нетранслируемыми участками (UTR) [36]. Открытая рамка считывания кодирует единственный белок-предшественник, называемый полипротеином, который состоит из 3008–3037 аминокислотных остатков (рис.2) [43].

В полипротеине белки располагаются в последовательности С-E1-E2-p7-NS2-NS3-NS4А-NS4B-NS5A-NS5B (рис. 2)

Все вирусные белки ВГС образуются в результате посттрансляционного процессинга полипротеина, образующегося в результате трансляции с единственной рамки считывания. Схематичное изображение структурных и неструктурных белков ВГС приведено на рисунке 3.Структурный белок капсида С (Core) расположен на N-конце полипептида и образуется под воздействием клеточных пептидаз. Аминокислотная последовательность С-белка у всех генотипов ВГС высококонсервативна, благодаря чему область Core генома используется для генотипирования изолятов ВГС в лабораторной диагностике. Основной функцией С-белка является формирование вирусного капсида, способного взаимодействовать с различными регуляторными белками клетки. Он в состоянии запускать апоптоз и клеточный рост, а также положительно регулирует продукцию активного кислорода и выполняет иммунорегуляторную роль [78]. Оболочечные белки Е1 и Е2 являются фрагментами полипротеина, которые расположены за сердцевинным (core) белком [86] . Основные функции этих белков – взаимодействие с рецепторами и обеспечение проникновения вирусного генома в цитоплазму клетки [86]. Область генома, кодирующая гликопротеины Е1 и Е2, наиболее вариабельна. Мутации в данных участках генома способствуют формированию квазивидов и персистенции вируса. Выделяют два гипервариабельных участка оболочечного белка Е2 (HVR1 и HVR2), которые являются иммунодоминантными; антитела против них способны нейтрализовать проникновение вируса в клетку. Однако эти антитела специфичны лишь к одному или нескольким схожим вариантам вируса и не обеспечивают защиту организма от иных генетических вариантов ВГС [71].

В экспериментах in vitro было показано, что гликопротеин Е2 имеет консервативный участок, который может взаимодействовать с протеинкиназой, ингибируя ее фосфолирирующую активность. Таким образом, белок Е2 может участвовать в формировании резистентности вируса к интерферону [178].

Пептид р7 принимает участие в ранних этапах морфогенеза вируса. Предположительно, пептид р7 регулирует способность структурных белков ВГС проникать внутрь клетки. Он также увеличивает взаимодействие NS2 с NS3 и Е2, но не влияет на репликацию вирусного генома [103]. Белок NS2 относится к неструктурным протеинам ВГС, его основная биологическая функция – протеолитическое отделение сериновой протеазы ВГС от полипротеина. Получены экспериментальные данные об участии белка NS2 в изменении активности клеточных генов и в остановке сигнала апоптоза, что делает вероятным участие протеина NS2 в клеточной пролиферации и трансформации [65]. Вирусный белок NS3 обладает двумя важными видами каталитической активности: протеазной и хеликазной/ нуклеотидтрифосфатазной [40]. Благодаря протеазной активности от полипротеина ВГС отщепляются все неструктурные белки.

Хеликазная/нуклеотидтрифосфатазная активность необходима для АТФ-зависимого раскручивания высокоупорядоченных участков и разъединения комплексов РНК [177]. Кроме этого, белок NS3 вместе с полипептидом NS4А участвует в блокировке клеточной противовирусной защиты, поэтому NS3-4А протеаза является одной из главных мишенью для разработки противовирусных препаратов [102]. Главной функцией белка NS4В является формирование специальной мембранно-ассоциированной платформы для репликативного комплекса ВГС. Он вовлечен в репликацию РНК, сборку вируса и его выход из клетки. NS4В также активирует стрессовый путь ЭР, изменяя метаболизм липидов и уходит от врожденного иммунитета путем ингибирования интерферона [195]. Белок NS5А выполняет роль ключевого регулятора репликации и транскрипции генома ВГС [30, 180]. NS5А связывается с РНК ВГС и вирусной полимеразой (NS5В), тем самым способствуя образованию репликативного комплекса.

Белок NS5В является РНК-зависимой РНК-полимеразой, осуществляющей синтез вирусных РНК. NS5В представляет собой консервативный белок, который инициирует синтез комплементарной негативной цепи РНК, а затем синтезирует положительную цепь РНК с использованием синтезированных негативных цепей РНК в качестве матрицы [54].

Группы риска инфицирования ВГС

Пути передачи ВГС включают в себя истинный парентеральный (гемотрансфузия, введение продуктов донорской крови, пользование общими иглами или инструментами) [126] , внутрибольничный (от пациента к пациенту при гемодиализе или других процедурах, от пациента работнику здравоохранения при случайном порезе или уколе, от работника здравоохранения пациенту при операциях) [160], неявный парентеральный (татуировки, пирсинг, обрезание, проведенные не стерилизованным оборудованием) [105,97] , половой (в случаях повреждения слизистых оболочек, к группами риска относятся лица с большим количеством сексуальных партнеров и работники коммерческого секса) [154] и вертикальный (дети, рожденные от матерей с высоким уровнем виремии, и ко-инфицированных вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ).

В странах с низким и средним уровнем дохода инфицирование ВГС чаще всего связано с несоблюдением профилактических мер при различных медицинских манипуляциях, в первую очередь - внутривенное введение препаратов, проведение гемодиализа и переливания компонентов донорской крови [39, 144] . Так, в Египте, высокая распространенность ГС (которая в некоторых районах достигает 25%) обусловлена передачей вируса в результате использования небезопасных инъекций [75] . В странах с высоким уровнем дохода до введения обязательного скрининга донорской крови на анти-ВГС, лица, получившие переливание крови и ее компонентов также были подвержены высокому риску инфицирования ВГС. Инъекционная наркомания является основным фактором риска инфицирования ВГС. Из 16 миллионов инъекционных наркоманов, проживающих в 148 странах, 10 миллионов (62,5 %) заражены ВГС [138].

Риск передачи ВГС от инфицированной матери к ребенку составляет 4-8% и достигает 17-25% у женщин, коинфицированных ВИЧ. [184, 131]. Реализация полового пути передачи ВГС происходит крайне редко и, как правило, связана с длительностью отношений, что предполагает, что передача ВГC имеет более высокую вероятность, если экспозиция повторяется и продолжается в течение долгого времени [154]. Возможной причиной такого низкого риска инфицирования является наличие РНК ВГС в семенной жидкости в очень низкой концентрации (200 копий/мл) [118].

Сексуальная передача ВГС среди населения в целом остается спорной и применение барьерных методов контрацепции для защиты от инфицирования ВГС не поддерживаются международными руководствами [187]. На долю гетеросексуального пути передачи ВГС, по расчетным данным, приходится 0 -0,6% инфицирований в год [53], но этот показатель выше для гетеросексуальных пар с несколькими партнерами, имеющих инфекции, передающиеся половым путем (ИППП) (0,4-1,8% в год) [182].

Распространенность анти-ВГС выше (до 23%) у мужчин, имеющих половые контакты с мужчинами (МСМ), чем у доноров крови и гетеросексуалов с риском ИППП [132, 128]. В настоящее время считается, что половой путь передачи ВГС реализуется преимущественно при гомосексуальных контактах. Высокая распространенность ГС, до 76%, отмечена у ВИЧ-инфицированных МСМ [74].

Последние годы несколько вспышек ВГС-инфекции среди МСМ были отмечены в Европе, Австралии и США [181]. Растущая распространенность ГС была отмечена в Нидерландах у ВИЧ-инфицированных МСМ, с увеличением показателя от 1-4% в 2000 году до 21% в 2008 году [190]. Еще одной характеристикой вспышки ВГС - инфекции среди МСМ является большое число повторных инфекций. В Амстердаме, 11 из 56 ВИЧ-инфицированных МСМ, заразившихся половым путем, подверглись повторному заражению после достижения устойчивого вирусологического ответа с общей заболеваемостью 33% в течение 2-х лет. Аналогичная тенденция отмечена во французской когорте, где у 5 из 80 МСМ развилась повторная ВГС-инфекция [111]. К группе повышенного риска инфицирования ВГС также могут быть отнесены пациенты венерологических клиник. Распространенность маркеров инфицирования ВГС среди пациентов венерологических клиник может достигать 20% [36]. Так, в США среди пациентов с ИППП частота выявления анти-ВГС составляет 3,4%, что в два раза выше по сравнению с общей популяцией [92]. По данным немецкого исследования, 56% инфицированных ВГС МСМ имели в анамнезе сифилис, хламидиоз или гонорею в течение предшествующих 12 месяцев по сравнению с 31% МСМ без ВГС [162]. По данным исследования, проведенного в Москве, частота выявления маркеров инфицирования ВГС у больных с сифилисом составила 13,8%, что позволяет отнести пациентов с ИППП к группе высокого риска инфицирования ВГС [17].

Структура путей передачи ВГС РФ за последние 15 лет претерпела изменения. Первое место принадлежит контактно-половому пути передачи (30 37%). Второе место принадлежит заражениям при употреблении психотропных препаратов инъекционным способом. Вместе с тем за анализируемый период доля инфицированных при употреблении психотропных препаратов снизилась с 23 до 13,9%. Доля инфицированных в условиях тесного бытового контакта (при исключении половой передачи) среди взрослых составляет 3-4%. На долю медицинских манипуляций приходится 0,9-3%. За период с 2009 по 2015годы отмечается двукратный рост заражений при выполнении косметических процедур (с 2 до 3,9%). На неустановленные пути передачи приходится 30-40%, что свидетельствует о недостаточной эффективности расследования очагов ОГС [1].

Если говорить о медицинских работниках, то они подвергаются воздействию человеческой крови и других потенциально-инфекционных биологических материалов чаще, чем население в целом. Среди 60 и более агентов, ответственных за трансмиссивные инфекционные заболевания, передающихся через кровь, ВГС и ВГВ являются одними из наиболее часто встречающихся среди медицинских работников. Контакт с потенциально инфекционным материалом в большинстве случаев происходит через слизистые оболочки или нарушение кожного покрова. В слизистой оболочке или при кожном контакте, кровь пациента, или производное крови или другой потенциально инфицированный биологический материал случайно вступает в контакт со слизистой оболочкой глаз, рта или с кожей, здоровой или поврежденной, работника здравоохранения [191]. Чрезкожное воздействие происходит, когда медицинский сотрудник получает травму острым инфицированным объектом, таким как игла, лезвие или кусок стекла. Около 75% от общего профессионального заражения происходит через кожные покровы, а остальные 25% через слизистые оболочки. Риск заражения ВГВ или ВГС медицинского работника при чрезкожном воздействии выше, чем через слизистую оболочку при кожном контакте. Скорость передачи ВГС-инфекции через повреждение кожного покрова в пять раз выше, чем через слизистые оболочки при кожном контакте, но, при этом, риск заражения ВГС-инфекцией через конъюнктивы также очень высок [39].

Другие основные факторы, оказывающие значительное воздействие на вероятность передачи инфекционных агентов, являются степень и глубина повреждения кожного покрова или слизистой оболочки раны и объем перенесенной крови. Все проколы от загрязненных игл и острых предметов могут быть причиной передачи инфекции. Тем не менее, медицинские устройства, используемые для доступа кровеносных сосудов, являются непосредственной причиной инфицирования ВГС во всем мире. Медсестры, как правило, выполняют эти манипуляции и поэтому входят в группу с высоким риском инфицирования ВГС [39]. Передача ВГС происходит в почти у 10% работников здравоохранения после парентерального воздействия крови пациента с РНК ВГС - положительным результатом, с частотой, которая может меняться в зависимости от нагрузки ВГС у пациента-источника [191]. Распространенность анти-ВГС среди медицинских работников колеблется от менее 1% до 9,7% в различных исследованиях по всему миру: 9,7% - на Филиппинах, 8% в Египте, 3,2% -5,6% в Пакистане, 5% - в Грузии, 0,14% - в Дании, 0,8% - в Польше, 0,7% - в США, 0,6% - в Албании и 0,3% - в Турции [51].

Стратегии и алгоритмы скрининговых программ на маркеры инфицирования ВГС и их эффективность

Скрининг (от англ. «screening» - «отбор, сортировка, просеивание») – система первичного обследования клинически бессимптомных лиц с целью выявления не распознанных ранее случаев заболевания. Целью скрининговых программ является выделение групп риска развития определенной патологии на доклиническом этапе среди пациентов, считающих себя здоровыми, снижение смертности и улучшение качества жизни пациентов. [21].

Скрининг является необходимым условием для расширения контингента лиц, нуждающихся в получении специфической терапии. ВГС является ведущей причиной хронических заболеваний печени, ВГС ассоциированная ГЦК является самым частым показанием для трансплантации печени в США [28]. Значительная доля лиц, инфицированных ВГС, приобрели инфекцию в далёком прошлом и имеют повышенный риск осложнений, связанных с терминальной стадией ВГС-инфекции[157]. ВГС-инфекция на протяжении многих лет может протекать бессимптомно, поэтому большинство инфицированных ВГС не знают о своем статусе. [93]. Например, около 45-85% взрослого населения США, инфицированного ВГС, не знают о своем статусе [51]. В связи со сложившейся в США ситуацией в отношении ГС, Центр по контролю и профилактике заболеваемости США (CDC) рекомендует проводить скрининг на ВГС-инфекцию лицам, попадающих в группы риска [172].

Цель скрининга на маркеры инфицирования ВГС была определена CDC США:

1. Клиническая диагностика пациентов с симптомами заболеваний печени;

2. Слежение за профессиональными и перинатальными рисками заражения;

3. Скрининг бессимптомных носителей для выявления людей, зараженных ВГС, которые должны получить медицинскую оценку состояния здоровья, рекомендации и помощь.

По рекомендации CDC в США, человек может быть определен как носитель маркеров ВГС-инфекции только после того, как позитивные результаты в скрининговом тесте будут подтверждены в более специфичном анти-ВГС тесте или посредством выявления РНК ВГС. Так же по определению CDC, в США результаты определения анти-ВГС используются для контроля органами здравоохранения за заболеваемостью и распространенностью ГС, а также для оценки эффективности проводимых профилактических мероприятий [91]. Большинство инфицированных лиц не получают противовирусное лечение, в первую очередь потому, что они не знают о своей инфекции [145]. Идентификация и преодоление барьеров к медицинской помощи ВГС-положительных лиц имеет решающее значение для успешной реализации любой общественной Программы Здоровья в целях контроля за ВГС-инфекцией [62].

Примером расширенной скрининговой программы по ГС могут служить США, где порядка 1% -1,5% населения заражены ВГС. По расчетным данным, о своем статусе не знают 45-85% инфицированных лиц [170].

Среди лиц, родившихся в период 1945-1965 гг. (так называемое поколение «бэби-бумеров») доля инфицированных лиц непропорционально высока и составляет приблизительно 3,25%, что в 5 раз больше по сравнению со взрослыми, рожденными в другие годы, на эту возрастную когорту приходится примерно 75% взрослых с ХГС[31]. В этой возрастной когорте в США растет смертность от последствий хронической ВГС-инфекции, таких как ЦП и ГЦК [124]. В 2012 году CDC США было рекомендовано тестирование на маркеры инфицирования ВГС всем лицам, относящимся к поколению «бэби бумеров» [70]. В 2013 году CDC США обновило свои стандарты тестирования на маркеры инфицирования ВГС, статус инфицирования оценивали не только по наличию в крови анти-ВГС, но и по определению РНК ВГС[42]. С тех пор, произошли значительные изменения в применении технологий и методов тестирования маркеров ВГС. Так, например, Американская Ассоциация по контролю пищевых продуктов и медикаментов (FDA) запретила использование рекомбинатного иммуноблота для подтверждения анти-ВГС[171]. При этом FDA утвердило быстрый лабораторный тест для определения анти-ВГС (OraQuick HCV), который имеет высокую чувствительность и специфичность и способен выявлять антитела в капиллярной крови при проколе пальца или цельной крови при проколе вены [167].

Singer M.E. с соавт. провели исследование по сравнению экономической эффекивности трех различных стратегий скрининга среди бессимптомного взрослого населения в США: 1) первичный скрининг на наличие анти-ВГС с использованием иммуноферментных тест-систем (ИФТС) 3-го поколения с последующим подтверждением на наличия РНК ВГС у анти-ВГС-позитивных пациентов с помощью ПЦР; 2) начальный скрининг на гепатит С путем выявления РНК ВГС методом ПЦР; 3) стратегия, которая являлась доминантной в США в 2000 г. – отсутствие скрининга на маркеры ГС среди взрослого бессимптомного населения. Было определено, что в первом варианте скрининга стратегия является экономически оправданной только в том случае, если, по крайней мере, половина пациентов с выявленной ВГС-инфекцией приступают к лечению, или при ежегодном увеличении случаев ЦП не более чем на 2,5%. Скрининг с использованием только ПЦР оказался экономически неэффективным. Модель «отсутствие скрининга» оказалась наиболее чувствительной к снижению качества жизни, связанному с осведомлением пациента о наличии ВГС-инфекции. При этом, в исследовании не была поддержана точка зрения о необходимости широкого скрининга на маркеры ВГС взрослого бессимптомного населения с умеренным риском инфицирования [169]. По данным американского исследования NHANES (2001 - 2010 годы) из 38 025 лиц проверенных на маркеры ВГС, 502 человека (1,3%) имели положительный результат. Средний возраст данной группы был 49 лет (диапазон 43-56 лет), из них 61,9% были лица мужского пола [62].

Европейские данные показали аналогичную картину. Перед введением интенсивной национальной программы скрининга, в которой приняло участие условно здоровое взрослое населения французского региона Пуату-Шаранта, 75% инфицированных не знали о своем статусе, после внедрения этой программы данный показатель снизился до 44% [56].

По данным комитета здравоохранения Канады (PHAC) около 250 000 канадцев (0,8% населения) инфицированы ВГС[158]. Согласно данным Британского Колумбийского Института, 1,5% канадцев инфицированы ВГС [38].

В европейских странах в 2011 году о своем ВГС-статусе не знали около 50% человек, 34-35% - в Великобритании и Испании и до 64% во Франции[58]. Это свидетельствует о том, что существующие рекомендации по скринингу на основании факторов риска недостаточно эффективны для выявления инфицированных ВГС[55].

Согласно исследованию I. Wolffram с соавторами, которое включало в себя 21 000 пациентов, наблюдавшихся в 51 кабинете врачей общей практики, факторами риска и, соответственно, показаниями к скринингу на ГС являются: принадлежность к иммигрантам, медицинский персонал, потребление инъекционных наркотиков и гемотрансфузии до 1992 года. Однако данное исследование может иметь определенные ограничения: в исследование были включены лица, имеющие медицинскую страховку и в возрасте старше 35 лет, людей старше 75 лет в данном исследовании было мало. Важно отметить, что 85% HBsAg-позитивных и 65% анти-ВГС положительных случаев были впервые диагностированы благодаря данной программе скрининга. В настоящее время, по оценкам, 160 000 лиц с хроническим ГС живут в Германии, при этом количество РНК ВГС–позитивных лиц увеличивается на 4000 в год. Следует отметить, что только 4,7% пациентов получают ПВТ[99].

Математические модели свидетельствуют о том, что увеличение количества вновь диагностированных больных ГС значительно выше охвата терапией[193]. Современные высокоэффективные схемы лечения позволят уменьшить общий показатель распространенности ВГС-инфекции на 93% по сравнению с текущей распространенностью, что в свою очередь приведет к значительному снижению ЦП, ГЦК, а также смертности на 40% к 2030 году. Тем не менее, это будет возможно только с увеличением охвата скринингом в 3-5 раз относительно текущей ситуации[193].

Генетическое разнообразие ВГС в регионах Российской Федерации

По результатам семи обследованных регионов, РНК ВГС была выявлена в 105 образцах сыворотки крови, положительных по анти-ВГС. Для каждого геноизолята ВГС был определен генотип на основании анализа нуклеотидной последовательности фрагментов core (1043 нт) иNS5B(398 нт).

Распределение субгенотипов ВГС в обследованных регионах было неравномерным (рис. 20). В Московской области 55,6% приходится на субтип 1b, 22,3% - 3а и 11,1% на субтипы 2а и 2k/1b. В Ростовской области и Республике Тыва выявлены только субтипы 3a и 1b. В Свердловской области 60% приходится на 1b и 20% на субтипы 3а и 2с. В Республике Саха (Якутия) 58,3% приходится на субтип 1b, 33,4% на субтип 3а и 8,3% - 2а. В Белгородской области на долю субтипа 3а приходится 12,5%, на долю субтипа 1b – 87,5%. В Хабаровском крае наблюдалось более широкое разнообразие субтипов: 64,2% -3а, 28,3% - 1b и 2,5% составила доля субтипов 1а, 2а, 2с (рис. 20)

Распределение генотипов ВГС в разных возрастных группах населения регионов РФ представлено на рисунке 21. Анализ генотипического разнообразия выявленных изолятов ВГС в среднем по семи регионам демонстрирует доминирование генотипа 1b (64,8%; 95% ДИ: 55,2% - 73,3%; 68/105). Доля субтипа 3а составила 28,6% (95% ДИ: 20,8% - 37,9%; 30/105). Два изолята были единичными представителями генотипов 1а и RF_2k/1b. Рекомбинантный вариант RF_2k/1b выявлен в Московской области в возрастной группе старше 60 лет. Доля субтипа 2а составила 2,9% (3/105), 2с -1,9% (2/105) (рис.20). Средний возраст лиц с субтипом 1b составил 52,1±2,4 лет, лица с субтипом 3а были значительно моложе - 38,1±2,2 лет (p 0,05).

Для реконструкции истории распространения ВГС в изученных 6 регионах РФ нами был проведен филогенетический анализ с временной шкалой выявленных геновариантов вируса. В качестве референсных образцов были использованы последовательности взятые из GenBank. Деревья были для наибольшей информативности построены по двум участкам генома - core (1043 нт) и NS5B (389 нт). Результаты анализа двух фрагментов генома ВГС дали сходные результаты, на рисунке 22 представлено дерево, построенное по участку core.

В результате было установлено, что генотип 2а был занесен в регион около 40 лет назад из Японии, 2с – 45 лет назад из Европы, 1а - из Европы около 35 лет назад. Наиболее распространенный генотип 1b был занесен неоднократно на территорию РФ порядка 55-65 лет назад из Японии и США. В дальнейшем ряд штаммов генотипа 1b закрепились на территории того или иного региона РФ, а другие вышли за пределы определенного региона и распространяются в других регионах Российской Федерации.

Генотип 3а многократно заносился на данную территорию из различных регионов мира - Индии и Пакистана, Японии, Европы. Индийско-пакистанский штамм был занесен на территорию РФ около 50 лет назад и сейчас распространен в большей степени Республике Тыва, в меньшей – на территории Хабаровского края. Японский штамм появился сравнительно недавно, порядка 25 лет назад. Он одновременно попал на территорию Якутии, Ростова и Хабаровска. Импортирование новых штаммов ВГС генотипа 3а из Европы происходило многократно, эти штаммы встречаются на всей территории России.